inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

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Modérateur : Groupe des modérateurs

fatima machou
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inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar fatima machou » 23 Oct 2017, 08:39

Bonjour,
peut on inclure un fichier rmarkdown dans un fichier R ? si oui , comment?
merci d'avance!
cdt,
fmch

Serge Rapenne
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Serge Rapenne » 23 Oct 2017, 09:14

Bonjour,

Que veux tu dire par "inclure", s'il s'agit de lancer le rendu d'un fichier Rmd dans du code R, oui c'est possible grâce à la commande "render"

Code : Tout sélectionner

?render
pour les détails

Serge

fatima machou
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar fatima machou » 23 Oct 2017, 09:59

Bonjour,
oui en gros je veux appeler une fonction de mon fichier r dans mon fichier rmarkdwn apres j'inclus mon fichier rmarkdwn dans mon fichier r ? je sai spas si c'est claire ou pas , ou si c'est possible aussi !!si oui merci pour vos conseils !
cdt
fmch

Jean-Emmanuel Longueville
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Jean-Emmanuel Longueville » 23 Oct 2017, 10:57

Pourquoi sortir du R en markdown pour le réinjecter en R ? pourquoi ne pas rester en R tout du long ?

Où souhaiter vous compiler un document Markdown directement en R à la façon d'un Knit2pdf pour du LaTeX ?
Jean-Emmanuel
Ingénieur d'étude LNEC

Serge Rapenne
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Serge Rapenne » 23 Oct 2017, 12:09

Ce n'est pas très clair.

Si tu as une fonction R que tu veux utiliser dans un fichier Rmarkdown cf la commande "source". Mais après je ne comprend pas : "apres j'inclus mon fichier rmarkdwn dans mon fichier r" ça tourne un peu en rond non ?

Serge

fatima machou
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar fatima machou » 23 Oct 2017, 12:47

Bonjour,
merci pour vos reponses,
j'aimerai produire des fichier format pdf et word c pour ça je joue entre les 2 et en gros j'ai un template R du coup j'appele ma fonction de ma template dans un fichier markdown , et apres j'appele tout dans mon fichier R ou ya la fonction main,pcq c'est avec ce template que je vais executer mon code donc j'ai pas d'autre idée
c'est pour cela j'aimerai avoir des conseils ou des solutions
merci d'avance!
cdt
fmch

Mickael Canouil
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Mickael Canouil » 24 Oct 2017, 08:51

Bonjour,

Si j'ai bien suivi, vous avez un premier fichier (fichier1.R) qui contient un ensemble de fonction.
Vous avez un second fichier Rmarkdown (fichier2.Rmd) qui doit utiliser le code de fichier1.R.
Enfin, vous avez un dernier fichier (fichier3.R) qui contient selon toute vraisemblance des commandes knitr pour compiler le(s) fichier(s) Rmarkdown.

j'ai l'impression dans ce cas qu'il s'agit d'externalisation de code: https://yihui.name/knitr/demo/externalization/

Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Jean-Emmanuel Longueville
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Jean-Emmanuel Longueville » 24 Oct 2017, 08:53

Ok si je comprends bien vous avez deux fichier de départ :
- Un script R
- Un fichier KnitR (Format Markdown)

Dans votre fichier KnitR vous mettez en forme des données faites des graphiques (Pour faire simple).
Dans votre script R vous souhaitez définir des sous ensemble de données qui sont ensuite compilé dans votre fichier Markdown pour faire les graphiques.

Et ainsi obtenir n fichier pdf automatiquement à partir de sous ensemble de votre jeu de données initiale.
Si mon hypothèse ci-dessus est correcte Oui c'est possible en R

Pour le format Markdown je ne connais pas la commande ad hoc mais une piste pour du LaTeX : knit2pdf().
Serge sera peut être plus au fait que moi pour Markdown.

Edit grillé par Mickael.
Jean-Emmanuel
Ingénieur d'étude LNEC

Mickael Canouil
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar Mickael Canouil » 25 Oct 2017, 08:36

Jean-Emmanuel Longueville a écrit :Pour le format Markdown je ne connais pas la commande ad hoc mais une piste pour du LaTeX : knit2pdf().
Serge sera peut être plus au fait que moi pour Markdown.


La fonction "rmarkdown::render(...)" (il s'agit en fait d'un appel aux fonctions de knitr avec quelques différences dans les options)

PS: si nous n'avons pas répondu à la question, il serait bon de fournir un exemple minimaliste de vos fichiers R / Rmd.
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

fatima machou
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Re: inclure un fichier rmarkdown dans un fichier r

Messagepar fatima machou » 26 Oct 2017, 12:41

Bonjour,
merci à tous pour vos réponse , vous m'avez bien aidé à trouver la solution et effectivement tout marche bien avec render , j'ai du juste a appeler les fonction de mon fichier R dans les fichier rmd et apres rappeler le fichier rmd dans mon fichier R avec "render"
cdt
fmch


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