Erreur dans une anova type III

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Quinot Lorraine
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Erreur dans une anova type III

Messagepar Quinot Lorraine » 24 Nov 2017, 18:54

Bonjour, je souhaiterai réaliser un anova à trois facteurs afin de vérifier si la présence d'HCl, de nitrate ou d'algicide influe sur le nombre de cellules finales.
Néanmoins, j'ai un message d'erreur,
Voici mon script:

Code : Tout sélectionner

m6=aov(sqrt(Nb_cellules)~(Algicide+Nitrate+HCl)^2,data=groupe)
shapiro.test(m6$residuals)
x11()
qqnorm(m6$residuals)
qqline(m6$residuals)
#La normalité n'est pas totalement suivie néanmoins ce sont les donnnées
#transformées avec la racine carrées qui ont les résidus les plus normaux.
#Le plus important pour une anova c'est surtout l'homogénéité des résidus
x11()
plot(m6$residuals~m6$fitted)
#Les résidus sont homogènes et indépendants.
Anova(m4,type="III")


Du coup, suite à cela voici le message d'erreur:
Error in Anova.III.lm(mod, error, singular.ok = singular.ok, ...) :
there are aliased coefficients in the model


Et voici le summary du tableau que j'utilise:

Code : Tout sélectionner

summary(groupe)
 Groupe       Plaque        Puits     Nitrate  HCl      Algicide
 GA:380   MLGLQ  : 60   B6     : 19   N-:190   H-:310   A-:262 
 GB:  0   AMMM   : 40   C6     : 19   N+:190   H+: 70   A+:118 
 GC:  0   CDPCHF : 40   A2     : 18                             
 GD:  0   FBNG   : 40   D1     : 18                             
 GE:  0   MMSDALT: 40   D5     : 18                             
          CRMN   : 20   A4     : 17                             
          (Other):140   (Other):271                             
    DObrute        valeurblanc          DOcor         Nb_cellules     
 Min.   :0.0310   Min.   :0.02500   Min.   :0.0000   Min.   :   41429 
 1st Qu.:0.2188   1st Qu.:0.02600   1st Qu.:0.1643   1st Qu.: 3793402 
 Median :0.3310   Median :0.02900   Median :0.2920   Median : 6711603 
 Mean   :0.6996   Mean   :0.03657   Mean   :0.6632   Mean   :15190466 
 3rd Qu.:0.8500   3rd Qu.:0.05000   3rd Qu.:0.8197   3rd Qu.:18767028 
 Max.   :3.0000   Max.   :0.06300   Max.   :2.9750   Max.   :67999535


J'espère ne pas trop m'être embrouillée et que ce soit compréhensible :)
Merci d'avance pour m'aider à débloquer ce message d'erreur ;)

Fred Santos
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Re: Erreur dans une anova type III

Messagepar Fred Santos » 26 Nov 2017, 10:49

Bonjour,

Juste au cas où, je pose déjà une petite question, histoire d'être sûr : est-ce que vous ne vouliez pas dire ceci, plutôt ?

Code : Tout sélectionner

Anova(m6, type="III")

(Vous avez écrit m4, objet qui n'est pas défini précédemment dans l'extrait de code que vous avez fourni.)

Eric Wajnberg
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Re: Erreur dans une anova type III

Messagepar Eric Wajnberg » 27 Nov 2017, 06:05

Hormis le point soulevé par Fred Santos, il y a un autre problème potentiel. Les trois variables explicatives (Algicide, Nitrate et HCl) sont dichotomiques. Est-vous sûre que les 2x2x2=8 combinaisons sont bien représentées dans les données ? S'il y des combinaisons qui n'existent pas, le modèle ne pourra par être ajusté correctement.

HTH, Eric.


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