MAJ gdal pour package sf (debian 8)

[samuel triviere]

Bonjour,

dans notre structure nous avons mis en place rstudio server pro (1.0.153) avec trois versions de R (R3.4.2 depuis le dépot du CRAN + deux versions compilées R3.3.3 et R3.2.1) sur OS debian 8.

Des utilisateurs ont remarqué qu'ils ne pouvaient pas utiliser le package SF (cartographie) car il fallait une librairie gdal > 2.0.0 or sur debian 8, la libraire gdal est en version 1.10.1 (le paquet debian est libgdal-dev). On peut avoir la bonne version de gdal avec debian 9 mais il n'est pas question de monter la version avant plusieurs mois.
Une possibilité serait de compiler une version gdal (>2.0.0).
Est-ce que l'un d'entre vous l'a fait ? SI oui, est-ce qu'il peut décrire brièvement les étapes ? Une fois compilées où positionner cette librairie ?

je vous remercie,

Cordialement,

Samuel Triviere

[Eric Casellas]

Bonjour,

Voici des commandes que j'ai utilisées pour compiler gdal-2.1.0 sur Ubuntu-16.04 et CentOS-6.5
(installé ici dans ~/usr)

Code : Tout sélectionner

wget http://download.osgeo.org/gdal/2.1.0/gdal-2.1.0.tar.gz
tar xzf gdal-2.1.0.tar.gz
cd gdal-2.1.0
./configure --prefix=~/usr -j48
make install


Sinon il y a sur leur site une page sur l'install : https://trac.osgeo.org/gdal/wiki/BuildHints

Eric

[samuel triviere]

Bonjour,

merci pour votre retour,

j'ai compilé GDAL et PROJ. J'ai ensuite tenté d'installer SF mais il ne trouve pas une librairie alors qu'elle est bien sur /usr/local/lib/libgdal.so.20

le message d'erreur est le suivant :
checking GDAL: checking whether PROJ.4 is available fur running:...
./gdal_proj: error while loading shared libraries: libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
no
configure: error: OGRCoordinateTransformation() does not return a coord.trans: PROJ.4 not available?
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
* removing ‘/home/AD/w1cswc/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/sf’
Warning in install.packages :
installation of package ‘sf’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpcJpVNK/downloaded_packages’

cordialement,

samuel triviere
N.B désolé pour la mise en page, je tatonne

[Eric Casellas]

Il semblerait que tu as la même erreur que celle de ce post :

https://stackoverflow.com/questions/46181614/install-r-sf-package-on-centos-gdal-shared-libary-error

Eric

[samuel triviere]

Bonjour,

j'ai réussi à installer les packages sf et cartography.
J'ai donc compiler gdal (version > 2.0.0) et PROJ4 et j'ai du rajouter le chemin vers /usrl/local/lib dans /etc/rstudio/rserver.conf =>
# acceder aux librairies pour gdal
rsession-ld-library-path=/usr/local/lib

Cordialement,

samuel