Problème fonction binom.test (test binomial pour séries appariés)

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Jonathan Costa
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Enregistré le : 27 Nov 2017, 16:15

Problème fonction binom.test (test binomial pour séries appariés)

Messagepar Jonathan Costa » 21 Déc 2017, 08:07

Bonjour à tous,

Voulant tester la proportion d'individus présents dans 2 catégories (stoc 649 et stoc 650) pour séries appariées, j'aimerai réaliser un test binomial exact avec la fonction binom.test. Voici un extrait de mon jeu de données :

Code : Tout sélectionner

 
>data
 espece annee stoc_649 stoc_650
9  ANTTRI  2017        2        2
13 DENMAJ  2013        1        1
15 DENMAJ  2017        1        1
20 EMBCIT  2017        1        2
21 ERIRUB  2013        9        8
22 ERIRUB  2014        4       15
23 ERIRUB  2015        3       11


> str(data)
'data.frame': 29 obs. of  4 variables:
 $ espece  : Factor w/ 25 levels "AEGCAU","ANTTRI",..: 2 5 5 6 7 7 7 7 9 11 ...
 $ annee   : Factor w/ 5 levels "2013","2014",..: 5 1 5 5 1 2 3 4 1 1 ...
 $ stoc_649: int  2 1 1 1 9 4 3 6 3 4 ...
 $ stoc_650: int  2 1 1 2 8 15 11 8 1 1 ...


EN suivant l'"Aide mémoire" de Maxime Hervé, le premier argument de binom.test (x) doit être "les paires dont le premier individu est de catégorie 1 (stoc 649) et le second de catégorie 2 (stoc 650)" et le second argument de la fonction (n) doit être "le nombre de paires d'individus dont les valeurs diffèrent". C'est là que je sèche...je n'arrive à formaliser concrètement la signification de ces deux phrases.

Merci d'avance de votre précieuse aide.

Cordialement,
Jonathan

Victor Cazalis
Messages : 68
Enregistré le : 24 Aoû 2014, 06:19

Re: Problème fonction binom.test (test binomial pour séries appariés)

Messagepar Victor Cazalis » 30 Déc 2017, 21:23

Bonsoir,

Je n'ai pas bien compris ce que vous cherchez à faire mais d'après moi c'est l'outil statistique qui est mal choisi.

Voilà un exemple de ce que permet un test binomial d'après ce que j'ai compris : j'ai tiré dix fois le dès, je compte le nombre de 6 avec l'idée que tirer un 6 est un succès, je tire 3 fois le 6. La probabilité d'obtenir un 6 en théorie est 1/6 (=0.17), or je l'ai tiré 3/10 (=0.3). Est-ce que la probabilité tirée est significativement différente de la probabilité théorique, le test me permet donc de voir si mon expérience est soumise à la probabilité que j'avais supposée.

Vous ne collez pas vraiment à l'exemple de Maxime Hervé car vous ne connaissez pas les observations individuelles des oiseaux. Sur la première ligne par exemple, il faudrait qu'on sache si les 2 individus du premier passage STOC 649 sont les mêmes que les STOC 650 afin de connaitre le nombre d'individus total. Si c'était le cas, alors on peut coder binom.test(data[1,3], (data[1,3]+data[1,4])). Si le test est significatif, on sait que la proportion d'individus 649 est différente de la proportion d'individus 650 pour les ANTTRI 2017 seulement (un test par ligne de data).

Je sens bien que ce n'est pas très clair ce que je raconte mais si vous pouviez expliquer ce que vous cherchez à tester ça aiderait beaucoup :)

Bonne soirée, Victor


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