GEE : test de la significativité de la variable ?

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

Morgane Salines
Messages : 2
Enregistré le : 29 Jan 2018, 13:09

GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Morgane Salines » 30 Jan 2018, 09:15

Bonjour,

A partir de données longitudinales collectées dans 3 élevages, je souhaite utiliser des GEE pour tester l'effet de l'exposition à un ou plusieurs co-infectants sur des caractéristiques de l'infection par un pathogène donné (par exemple ici l'excrétion du pathogène).

Voilà ce que j'ai fait pour l'instant avec le package geepack. [Pour chaque individu, la variable EXCR est codé en 0/1, et la variable EXPO est catégorisée en 4 catégories (PCV2, PRRSV, PRRSVandPCV2, none).]

Code : Tout sélectionner

library(geepack)
data$EXPO=relevel(data$EXPO, ref = "none")
dataNaOmit=na.omit(subset(data, select = c(EXPO, EXCR, ELEV)))
gee=geeglm(EXCR ~ EXPO,id=ELEV, data=dataNaOmit, family = binomial(logit), corstr = "exchangeable", std.err="san.se")
summary(gee)


Le summary me donne ça :

Code : Tout sélectionner

Coefficients:
                 Estimate Std.err  Wald Pr(>|W|)   
(Intercept)         1.317   0.794  2.75  0.09701 . 
EXPOPCV2           -0.578   0.158 13.46  0.00024 ***
EXPOPRRSV          -0.548   0.377  2.11  0.14609   
EXPOPRRSVandPCV2   -0.214   0.125  2.90  0.08842 . 
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Estimated Scale Parameters:
            Estimate Std.err
(Intercept)     0.98   0.312

Correlation: Structure = exchangeable  Link = identity

Estimated Correlation Parameters:
      Estimate Std.err
alpha     0.21   0.102
Number of clusters:   3   Maximum cluster size: 113


Je souhaiterais connaître la significativité de ma variable globale, pas seulement de chaque catégorie.
J'ai essayé le test de Wald avec le code :

Code : Tout sélectionner

anova(gee)


Mais le résultat me semble aberrant :

Code : Tout sélectionner

     Df       X2 P(>|Chi|)   
EXPO  3 2.48e+09    <2e-16 ***


Et ça me donne ce genre de choses pour quasiment tous mes GEE avec les autres variables explicatives ou à expliquer. Qu'en pensez-vous ? Est-ce qu'il y aurait une erreur de code quelque part ? Sinon quelle solution alternative puis-je utiliser pour savoir si ma variable explicative a un effet significatif ou non ? Si je ne me trompe pas, on ne peut pas utiliser de test basé sur la vraisemblance avec des GEE ?

Merci par avance pour votre aide !!
Morgane

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Re: GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Logez Maxime » 30 Jan 2018, 09:20

Bonjour,

je crains que ta question ne soit pas dans les objectifs de ce forum qui se veut un forum centrer sur l'utilisation de R, pas sur les statistiques.

Cordialement,
Maxime

Eric Wajnberg
Messages : 776
Enregistré le : 11 Aoû 2008, 15:37
Contact :

Re: GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Eric Wajnberg » 30 Jan 2018, 10:12

Par ailleurs, votre code n'est pas reproductible.

Voici ce que j'obtiens de mon côté:

Code : Tout sélectionner

> geeglm
Erreur : objet 'geeglm' introuvable


Voir les indications sur comment poster une question ici.

Eric.

Mickael Canouil
Messages : 1315
Enregistré le : 04 Avr 2011, 08:53
Contact :

Re: GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Mickael Canouil » 30 Jan 2018, 10:54

Le lien dont parle Eric : viewtopic.php?f=1&t=7638
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Morgane Salines
Messages : 2
Enregistré le : 29 Jan 2018, 13:09

Re: GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Morgane Salines » 02 Fév 2018, 14:33

Bonjour,

Merci pour vos messages mais il s'agit bien d'un souci d'utilisation de R, car j'arrive à faire tourner mes GEE sur SAS mais je souhaiterais comprendre ce qui ne fonctionne pas sous R.

Bien cordialement,
Morgane

Mickael Canouil
Messages : 1315
Enregistré le : 04 Avr 2011, 08:53
Contact :

Re: GEE : test de la significativité de la variable ?

Messagepar Mickael Canouil » 02 Fév 2018, 14:52

Bonjour,

Il n'y a à proprement parler aucune erreur dans le code R que vous présentez, d'autant plus que vous obtenez un résultat.
"ne fonctionne pas" n'est pas la même chose que "le résultat me semble aberrant ": le premier signifie que R génère une erreur ou rien; le second est complètement subjectif et nous ne pourrons pas intervenir sur cet aspect.

Si le résultat vous semble aberrant, je vous recommande de vérifier la paramétrisation de votre modèle dans SAS et de vérifier qu'il s'agit bien de la même dans R en regardant dans les documents respectives de SAS et du package que vous utilisez.

Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr


Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Aucun utilisateur enregistré et 1 invité