R 3.2.3 et packages

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Alain Blanchet
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R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 12 Fév 2018, 14:06

Bonjour,

Pour installer l'excellent programme "IRAMUTEQ" version Linux, il est nécessaire d'installer les packages "proxi" et "wordcloud". Or la dernière version de R dont je dispose s'obstine à ne pas pouvoir le faire : est-ce normal ?

Merci à vous

AB

Mickael Canouil
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Mickael Canouil » 12 Fév 2018, 17:44

Bonjour,

Rapidement, il n'y a pas de raison apparente pour "wordcloud" (https://cran.r-project.org/web/packages ... index.html)
Pour "proxi", ce package n'existe pas (et n'a jamais existé => Archive) sur le CRAN. Cependant "proxy" existe...

Or la dernière version de R dont je dispose s'obstine à ne pas pouvoir le faire : est-ce normal ?

Auriez-vous un message lors de l'exécution de install.packages() ? R comme tout programme fait simplement ce qu'on lui dit dans les conditions qu'on lui impose et généralement il indique ce qu'il fait ou ne peut pas faire.
Sans plus d'information, il est difficile voire impossible de trouver une solution.

Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 10:40

Voici pour "proxy"
install.packages("proxy")
Installing package into ‘/home/blanchet/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
Warning message:
package ‘proxy’ is not available (for R version 3.2.3)
>
et pour "wordcould" :
install.packages("proxy")
Installing package into ‘/home/blanchet/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
Warning message:
package ‘proxy’ is not available (for R version 3.2.3)
>
J'ai l'impression que c'est la version de R qui n'accepte pas ces packages. Dans ce cas, comment télécharger une version antérieure ?

Merci beaucoup pour vos conseils

AB

Eric Casellas
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Eric Casellas » 14 Fév 2018, 10:54

Bonjour,

Sur la page du paquet sur le CRAN tu as plusieurs info : https://cran.r-project.org/web/packages/proxy/index.html

La version actuelle du paquet à besoin de R (≥ 3.4.0)
Et sinon tu as un lien vers les anciennes sources du paquet https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/proxy si tu veux essayer d'en trouver une compatible avec ta version de R.
Mais si tu peut plutôt maj ton R vers une version ≥ 3.4.0 c'est mieux j'imagine...

Eric
Eric

Alexandre Dangléant
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alexandre Dangléant » 14 Fév 2018, 10:58

Bonjour,

Le 2e message est le même que le premier. Ce doit être une erreur de copié-collé car wordcloud ne dépend apparemment pas de proxy...

Concerant proxy, par défaut, R essaye d'installer la version du package la plus récente, ici la 4-21. Or, sur la page du cran dédié à ce pkg on peut lire :
Depends: R (≥ 3.4.0)

Et donc comme le dit R :

Code : Tout sélectionner

package ‘proxy’ is not available (for R version 3.2.3)

Soit vous passez par une archive du package (donc il faut trouver quelle version correspond à votre version de R puis spécifier l'archive dans la fonction install.packages en fournissant directement l'URL), soit il est temps de mettre votre version de R à jour. Généralement la 2e solution est la plus pérenne...

Au cas où, un exemple trouvé sur internet :

Code : Tout sélectionner

packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

Cordialement.

Edit : Grillé par Éric, je laisse quand même ! :-p

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 12:37

Sur Linux je dois mettre à jour ma version de R 3.2.3 mais je dois dire que je n'arrive pas à la supprimer ( sudo apt-get autoremove R 3.2.3 ne donne rien) et que je ne sais pas comment installer la nouvelle version R 3.4.0 (à partir de R-3.4.0.tar.gz décompressée).

Merci pour votre coup de main

Alexandre Dangléant
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alexandre Dangléant » 14 Fév 2018, 12:50

Re,

Je déduis du sudo que t'es sur une debian like... dans synaptic je vois que "r-base" est au moins en 3.3.3, version dans laquelle je l'ai bloqué (pas envie de reconfigurer tout dès qu'une version est dispo, j'attends d'en avoir vraiment besoin comme dans ton cas, par exemple). Donc logiquement tu devrais pouvoir mettre ce paquet à jour simplement, c'est à dire via sudo apt-get install r-base par exemple.

Normalement, il n'est pas nécessaire de désinstaller l'autre version, soit cela fait une mise à jour, soit cela fait l'installation à côté. Tout dépend de comment ta version actuelle de R a été installée. J'imagine que ce n'est pas via apt-get, sinon il t'aurait suggéré tout seul les mises à jour en temps et en heure, et l'autoremove devrait fonctionner...

Sinon, pour installer depuis une archive locale on utilise la commande gdebi "emplacement de l'archive" (je ne suis pas que gdebi soit directement installée, peut être te faut il le récupérer avant). Du moins c'est ce que je crois me souvenir avoir fait lorsque le cas se présentait. Je serai étonné que tu ne trouve pas facilement un tuto à ce sujet.

A+

Edit : sudo apt-get autoremove R 3.2.3 n'est pas censé fonctionner, puisque le paquet s'appelle r-base...

Mickael Canouil
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Mickael Canouil » 14 Fév 2018, 12:55

La procédure d'installation/mise à jour de R: https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/ (si distribution Debian, pour les autres: https://cran.r-project.org/bin/linux/)
Mickaël
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Serge Rapenne
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Serge Rapenne » 14 Fév 2018, 12:57

Bonjour,

tu parles de "apt", tu es donc sur une debian ou dérivé, il est possible d'installer la version 3.4.3 de R depuis un package, il n'est pas nécessaire d'installer depuis les sources (tar.gz). Peux tu préciser quel distribution et quel version tu utilises, la procédure d'installation diffère légèrement selon que tu utilises debian jessie, debian stretch, ubuntu 17-4 ou 17-10, mint ...
Si tu as une bonne pratique de Linux : https://cran.r-project.org/bin/linux/ et va dans le lien correspondant à ta distribution, les info devraient suffire

Serge

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 13:35

Bonjour et encore merci pour votre aide,

J'utilise la distribution Linux Mint 18.3 avec un bureau KDE (qui me convient bien). Mais je pense qu'il est nécessaire que je supprime r-base 3.2.3-4 avec synaptique avant d'installer la nouvelle version et je pense que les r-base-dev et r-base-cor devront être aussi supprimé ?

Cordialement

AB

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 13:56

Suite : Mais je pense qu'il est nécessaire que je supprime r-base 3.2.3-4 avec synaptique avant d'installer la nouvelle version et je pense que les r-base-dev et r-base-cor devront être aussi supprimé ? (suppression ou suppression totale ?)

Merci

AB

Mickael Canouil
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Mickael Canouil » 14 Fév 2018, 14:04

En principe, un "update" devrait mettre à jour les différents binaire de R.
Du moins, c'est le cas sur Scientific Linux (RedHat) avec la commande "yum update".
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Serge Rapenne
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Serge Rapenne » 14 Fév 2018, 14:26

Il est inutile de supprimer l'ancienne version de R, il faut juste la mettre à jour
D’après le site mint, mint 18.4 est base sur Ubuntu 16-4 (alias Xenial) donc en suivant les info du CRAN la manip à faire est :

dans le fichier "/etc/apt/sources.list" ajouter : deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu xenial/
chez moi j'utilise le miroir "cran.univ-lyon1.fr" ce qui donnerait deb https://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu xenial/
ajouter les clefs pgp : sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
mettre à jour R : sudo apt-get update & sudo apt-get upgrade

et c'est tout.


Serge

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 14:41

Le update ne marche pas, j'ai désinstallé r-base et suivi la procédure d'installation

apt-get update
apt-get install r-base r-base-dev

Et c'est toujours le même R 3.2.3 qui date de 2015 qui est installé ... Désespérant !

Cordialement
AB

Alain Blanchet
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Re: R 3.2.3 et packages

Messagepar Alain Blanchet » 14 Fév 2018, 14:57

J'obtiens ceci:
sudo apt-get install r-base r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation :

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.4.3-1zesty0) mais 3.2.3-4 devra être installé
Dépend: r-recommended (= 3.4.3-1zesty0) mais 3.2.3-4 devra être installé
r-base-dev : Dépend: r-base-core (>= 3.4.3-1zesty0) mais 3.2.3-4 devra être installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Je vais abandonner ...Merci encore

AB


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