Corrélation géographique avec une série de valeurs

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Jean-Loïc Le Quellec
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Corrélation géographique avec une série de valeurs

Messagepar Jean-Loïc Le Quellec » 17 Fév 2018, 16:44

Bonjour,

J'ai une base de données d'observations de cette forme (avec 45 observations et 57 valeurs au total):

ID Lat Lon V01 V02 V03 V04 V05 V06
914_IFG 19.9416666666667 1.133333333 0 0 1 0 1 0
1093_AFH 22.8424166666667 5.857083333 0 1 0 0 1 0
1096_AHG 22.8424166666667 5.857083333 0 0 1 0 1 0

En utilisant les librairies Phytools et Phangorn, j'ai pu construire des arbres qui permettent de faire une hypothèse évolutive sur ces données.
Maintenant, je voudrais savoir si la proximité géographique des observations joue un rôle dans la variation des valeurs.

Je suppose que la solution doit se trouver du côté d'un test de corrélation, et j'ai fait des essais avec le package corrplot, mais sans succès.
La librairie geoR ne me semble permettre l'observation d'une codispersion qu'entre seulement deux valeurs. Comment faire pour visualiser l'incidence de la distance sur l'ensemble des mes 57 valeurs ?

Peut-être faudrait-il essayer avec un autre package (j'imagine que ce type de problème doit se poser en écologie) ?

Quelqu'un pourrait-il me conseiller, où m'orienter vers une page traitant de problèmes de ce type ?

Merci d'avance !
Jean-Loïc Le Quellec
IMAF
CNRS, UMR 8171

Eric Casellas
Messages : 767
Enregistré le : 06 Jan 2009, 14:59

Re: Corrélation géographique avec une série de valeurs

Messagepar Eric Casellas » 19 Fév 2018, 08:43

Bonjour,

Je ne connais pas trop le sujet mais à l'occasion je suis tombé sur ce site : http://elementr.parisgeo.cnrs.fr/
Peut-être d'autre sauront dire ce que ça vaux moi je n'ai pas eu à m'y plonger...

Eric
Eric

denis laloe
Messages : 119
Enregistré le : 28 Déc 2006, 13:05

Re: Corrélation géographique avec une série de valeurs

Messagepar denis laloe » 19 Fév 2018, 09:49

La référence d'un document sur le sujet
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pdf/ter4.pdf
et plus généralement
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignemen ... =html/tdr9

Jean-Loïc Le Quellec
Messages : 3
Enregistré le : 14 Sep 2016, 15:10

Re: Corrélation géographique avec une série de valeurs

Messagepar Jean-Loïc Le Quellec » 19 Fév 2018, 12:31

Merci à Eric & Denis pour ces pistes, que je vais explorer.

J'ai également trouvé cette façon de faire, sur le site de Liam Revell:

http://blog.phytools.org/2014/07/new-us ... tomap.html

Bien cordialement,

JLLQ
Jean-Loïc Le Quellec
IMAF
CNRS, UMR 8171


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