Méthode de groupement

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Laurence Daigneault
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Méthode de groupement

Messagepar Laurence Daigneault » 14 Mar 2018, 22:04

Bonjour, je travail sur le logiciel R et j'ai fais une MDS et par la suite un groupement pour regrouper mes données en trois catégories : juin, juillet et août. Dans mon graphique de MDS j'obtiens 3 polygones qui forment mes trois groupes, donc mes trois mois. Par contre, mes lignes de mes polygones sont toutes noires et j'aimerais identifier une couleur pour chaque polygone, donc pour chaque mois. Je ne sais pas comment, je sais que je peux utiliser la fonction col(), mais comment l'appliquer je ne sais pas. Voici ce à quoi ressemble mon script :

library(readxl)
library(vegan)
library(ape)
library(tidyverse)

FECESF <- read_excel(file.choose(), 1)

mdsf <- data.frame(FECESF[, 2:10], row.names = NULL)

(mdsf.mds2 <- metaMDS(mdsf, distance = "bray", k = 2))
(mdsf.mds3 <- metaMDS(mdsf, distance = "bray", k = 3))
(mdsf.mds4 <- metaMDS(mdsf, distance = "bray", k = 4))

layout(matrix(c(1:3), 1, 3))
stressplot(mdsf.mds2, main = "2 dimensions")
stressplot(mdsf.mds3, main = "3 dimensions")
stressplot(mdsf.mds4, main = "4 dimensions")
layout(1)

plot(mdsf.mds2, choices = c(1, 2), display = "sites", type = "text")

plot(mdsf.mds2, choices = c(1, 2), display = c("sites", "species"), type = "text")

#Faire les groupes
groupes <- FECESF$Mois
FECES_groupe <- data.frame(FECESF[, 2:10], row.names = NULL)
ordihull(mdsf.mds2, groupes)

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