Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

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Fred Santos
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Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

Messagepar Fred Santos » 26 Avr 2018, 07:35

Bonjour,

Je suis sous la distrib openSuse Leap 42.3. Après avoir simplement mis à jour R vers la version 3.5.0 via les dépôts officiels (comme je le fais à chaque changement de version depuis bien des années), j'ai le même problème sur mes deux ordinateurs : en essayant d'installer des packages, j'obtiens un nombre incalculable de fois le message d'erreur suivant :

Code : Tout sélectionner

Error : package ‘blablabla’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version

lors de la tentative d'installation des packages-dépendances. Que signifie ce message ? Pour l'instant, je me retrouve donc à réinstaller manuellement toutes les dépendances foireuses, qui elles-mêmes ont un nombre incalculable de dépendances foireuses, et j'ai l'impression que je pourrais y passer la semaine...

C'est un problème spécifique à la distro et à ses dépôts, ou il y a vraiment un truc bizarre avec R 3.5.0 ?

Merci !

Guillaume Devailly
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Re: Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

Messagepar Guillaume Devailly » 26 Avr 2018, 08:00

Bonjour,

quel est votre libPaths ? Il est sans doute judicieux de le changer ou de le mettre à jour.

Code : Tout sélectionner

.libPaths()


Lors de changement majeurs de version de R, je conseils de réinstaller tout les packages R. Là il me semble que R essaye d'utiliser des packages installé avec une version 3.4 depuis là version 3.5.

Fred Santos
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Re: Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

Messagepar Fred Santos » 26 Avr 2018, 10:12

Bonjour Guillaume, et merci,

Ça semble pourtant "normal" :

Code : Tout sélectionner

> .libPaths()
[1] "/home/f.santos/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5"
[2] "/usr/lib64/R/library"   


Après la mise à jour vers R 3.5.0, je n'avais de toute façon plus aucun package de dispo à l'ouverture du logiciel. Mais j'obtiens sans arrêt ce message d'erreur en tentant de les installer... Il y a peut-être de "vieux" packages dans "/usr/lib64/R/library", mais je croyais (à tort ?) que ce répertoire ne concernait que les packages installés quand on lance R en tant que root, donc ça ne devrait pas vraiment jouer ici. Bizarre bizarre...

Mickael Canouil
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Re: Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

Messagepar Mickael Canouil » 26 Avr 2018, 11:23

Bonjour,

pour ne pas réinstaller "à la main" les dépendances, la fonction "install.packages()" dispose de l'argument "dependencies".

EDIT: Il est fort probable que les packages présent sur le CRAN ne soit pas encore recompilées depuis la version 3.5.
Sous Linux, cela ne devrait pas avoir d'incidence sauf s'il y a des fichiers compilés (.so par exemple).

Cordialement
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Fred Santos
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Re: Problème à la mise à jour vers 3.5.0 (Linux)

Messagepar Fred Santos » 26 Avr 2018, 12:13

Mickael Canouil a écrit :Bonjour,

pour ne pas réinstaller "à la main" les dépendances, la fonction "install.packages()" dispose de l'argument "dependencies".

Bonjour,
Justement, les commandes du type :

Code : Tout sélectionner

install.packages("machin", dep=TRUE)

provoquaient cette erreur chez certaines dépendances, mais lesdites dépendances s'installaient correctement si on faisait un install.packages() directement centré sur elles (sauf évidemment si certaines de leurs dépendances, à leur tour, plantaient). Ce qui me plongeait dans une certaine perplexité...

Mais l'histoire des packages pas encore recompilés pourrait être une bonne explication ! On verra si ça persiste après quelques jours ;-)

Merci à vous deux !


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