création de pdf avec render

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david petit
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création de pdf avec render

Messagepar david petit » 09 Mai 2018, 12:16

Bonjour,
J'ai un petit souci de génération de pdf avec la fonction render.
Quand je fait une génération directe à partir de Rstudio, ça fonctionne parfaitement.
Mais à partir de R, avec

Code : Tout sélectionner

markdown::render("IR_pdf.Rmd")

j'ai une erreur que je ne sais pas interpréter :

Code : Tout sélectionner

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS IR_pdf.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output IR_pdf.tex --template "C:\Users\David\Documents\R\R-3.4.3\library\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable "geometry:margin=1in"
Error: Failed to compile IR_pdf.tex.
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "IR_pdf.tex"' had status 127


Merci d'avance de votre aide!

david petit
Messages : 7
Enregistré le : 20 Avr 2018, 07:07

Re: création de pdf avec render

Messagepar david petit » 28 Mai 2018, 12:16

Je me réponds bien que je n'ai toujours pas trouvé la solution :
dans un premier temps, je me suis aperçu qu'en lançant la commande précédente, le fichier tex est bien créé mais il doit manquer l'image du graphique. En effet dans le fichier text j'ai cette ligne :

Code : Tout sélectionner

\includegraphics{test_files/figure-latex/le_graph-1.pdf}

mais je ne suis pas sûr que R génère bien le fichier (impossible de le retrouver sur le disque), et je ne sais pas où cela se paramètre !

Ensuite, pour voir si les graphiques étaient en cause, j'ai crée un test.Rmd très simple :

Code : Tout sélectionner

---
title: "essai generation pdf avec render"
output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes
    number_sections: yes
    toc: yes
---
##Vive R !!
je kiffe les boites a moustaches!!


et toujours pareil, test.tex est créé dans le workspace de R, puis j'ai l'erreur

Code : Tout sélectionner

Error: Failed to compile test.tex.
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"' had status 127


En revanche si je compile le test.tex avec la commande pdflatex C:\Users\David\...\test.tex, ça fonctionne, j'ai bien un pdf qui est créé dans C:\users\david ......

des idées .....

Bastien Gamboa
Messages : 151
Enregistré le : 13 Jan 2011, 21:31

Re: création de pdf avec render

Messagepar Bastien Gamboa » 29 Mai 2018, 07:06

Bonjour,

La compilation par R ne renvoi que peu d'informations quand elle échoue. Personnellement, quand j'ai une error ou un warning qui revient dans R après compilation, je lance le .tex avec le logiciel installé sur ma machine (TeXworks chez moi), et je lance la compilation dans ce logiciel qui me donne plus d'information sur l'erreur/warning et surtout la localisation dans le code.

Juste un remarque pour ton \includegraphics : de souvenirs il ne faut pas mettre l'extension '.pdf'

HTH,
Bastien

david petit
Messages : 7
Enregistré le : 20 Avr 2018, 07:07

Re: création de pdf avec render

Messagepar david petit » 01 Juin 2018, 11:56

J'ai enfin trouvé, il faut rajouter le chemin de l'exe pdflatex.exe dans le path windows......
Erreur basique mais vu que ça fonctionnait à partir de Rstudio, je n'y avais pas pensé!!


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