Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

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Clara Lefèvre
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Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

Messagepar Clara Lefèvre » 26 Juin 2018, 07:22

Bonjour à tous,

Je suis en train d'effectuer des ANOVA suivies de tests post-hoc de comparaison de moyennes (tests de bonferroni).
Lors de mes comparaisons de moyennes, j'obtiens des pvalues très proches de 0.05, qui "m'empêchent" de regrouper certains traitements au sein de même groupes.
Ayant une puissance de 95%, j'aurais donc voulu le descendre à 90% afin de pouvoir tout de même exploiter ces différences entre groupes.
Cependant, je ne trouve pas la commande R me permettant de le faire... Quelqu'un aurait-il une piste pour moi ?

Voilà mon script actuel :

lm4 <- lm(Structure.maintenance~Treatment, data=dataSQI)
shapiro.test(resid(lm4))
leveneTest(resid(lm4)~Treatment,data=dataSQI)

Anova(lm4, type=3)

summary(glht(lm4,linfct=mcp(Treatment="Tukey"),adjust='bonferroni'))
grp1 = cld(glht(lm4,linfct=mcp(Treatment="Tukey"),adjust='bonferroni'));grp1


D'avance merci,

Clara

Stéphane Adamowicz
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Re: Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

Messagepar Stéphane Adamowicz » 26 Juin 2018, 09:01

Bonjour,

essayez la fonction allallEffects ::

Code : Tout sélectionner

allEffects(lm4, confidence.level= 0.90)


Ceci dit, pour une analyse de variance à 1 seul facteur, je ne vois pas très bien l'intérêt d'une analyse de type 3. Vous vous simplifieriez la vie ainsi :

Code : Tout sélectionner

aov4 <- aov(Structure.maintenance ~ Treatment, data= dataSQI)
anova(aov4)
(COMP <- TukeyHSD(aov4, which= "Treatment", ordered= TRUE, conf.level = 0.90))
plot(COMP)
Stéphane Adamowicz
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Clara Lefèvre
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Re: Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

Messagepar Clara Lefèvre » 26 Juin 2018, 09:14

Merci beaucoup pour votre réponse. Cela fonctionne mais par contre, en faisant comme ceci il semble que je ne puisse plus regrouper mes groupes derrière des lettres (comme je le faisais avec la fonction cld). Existe-t-il une autre fonction compatible avec TuketHSD?

Merci d'avance,
Clara

Stéphane Adamowicz
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Re: Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

Messagepar Stéphane Adamowicz » 26 Juin 2018, 09:43

Si, si :

Code : Tout sélectionner

cld(COMP <- summary(glht(aov4, linfct= mcp(Treatment= 'Tukey'))))


cordialement,
Stéphane Adamowicz

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Clara Lefèvre
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Re: Passer de alpha=0.05 à alpha=0.1 dans un test statistique

Messagepar Clara Lefèvre » 26 Juin 2018, 09:51

C'est super, merci beaucoup! Je n'avais pas utilisé la bonne syntaxe.

Bonne journée,
Clara


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