Package emmeans et fonction cld extraction

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Fanny Buard
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Package emmeans et fonction cld extraction

Messagepar Fanny Buard » 05 Juil 2018, 08:45

Bonjour,
Dans le cadre de l'analyse de mon jeu de donnée, je suis amenée à utiliser le package "emmeans" après un glm et une glht. J'aimerai extraire les groupes homogènes sortis via la fonction cld (après la fonction emmeans), seulement, le format "multcompletters" m'en empèche. Des idées pour extraire ces lettres et les replacer dans un table R ?
Autre question, je ne sais pas à quoi correspond la colonne nommée "emmeans" de la sortie de la fonction emmeans, serait-ce la moyenne ?
D'avance merci.

Code :
M1<-glm("Antago~Con",family=binomial(link=logit), data=data_CAN_bino_T)
ANO<-anova(M1, test="Chi")
ANO
A<-summary(glht(model=M1, linfct = mcp(Con = "Tukey")))#Comparaison par paires
A
E<-emmeans(M1,~Con)
E
EM<-cld(A)

Maxime Hervé
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Re: Package emmeans et fonction cld extraction

Messagepar Maxime Hervé » 05 Juil 2018, 10:33

Bonjour,
si j'ai bien compris et que vous souhaitez récupérer la dernière colonne du tableau renvoyé par cld() :

Code : Tout sélectionner

cld(E)$".group"

La colonne emmeans correspond bien aux moyennes (ajustées). Attention dans le cas d'un modèle avec fonction de lien il faut "back-transformer" ces moyennes pour revenir sur l'échelle de départ. Dans votre cas ce sont des moyennes en logit. Pour revenir à l'échelle de départ (une probabilité) :

Code : Tout sélectionner

cld(E,type="response")

Maxime

Fanny Buard
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Enregistré le : 05 Juil 2018, 07:16

Re: Package emmeans et fonction cld extraction

Messagepar Fanny Buard » 06 Juil 2018, 08:34

Merci beaucoup pour votre aide !


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