Matrice de corrélation avec intervalles de confiance bootstrappés

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Flora Grappelli
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Matrice de corrélation avec intervalles de confiance bootstrappés

Messagepar Flora Grappelli » 31 Juil 2018, 08:21

Bonjour à tous,

J'aimerais obtenir une matrice de correlation avec les valeurs estimées du coeficient de corrélation et des intervalles de confiance obtenus par bootstrap.

J'ai trouvé le package jmv qui donne bien une matrice de correlation avec les intervalles de confiance (les coefficients de corrélation et les p-values), mais dans ce cas, les intervalles sont calculés avec la transformée de Fisher (uniquement disponibles pour le coefficient de Pearson).

J'ai également trouvé comment obtenir les intervalles de confiance par bootstrap:

Code : Tout sélectionner

library(boot)
Brep = 5000
pearson <- function(d,i=c(1:n)){
d2 <- d[i,]
return(cor(d2$var1,d2$var2))}
bootcorr <- boot(data = data.frame(cbind(var1, var2)), statistic =
pearson  ,R=Brep)
ciu <- boot.ci(bootcorr,conf=.95, type="basic")$basic[5]
cil <- boot.ci(bootcorr,conf=.95, type="basic")$basic[4]


D'où ma question : comment obtenir une matrice de corrélation avec les coeficients de corrélation et les intervalles de confiance bootstrapés ?

(Petites remarques subsidiaires: la matrice obtenue avec le package jmv est difficilement epxortable, c'est une "table", qui n'a plus du tout la même allure une fois convertie en data frame. De plus, la fonction corrMatrix ne traite que les matrices carrées, contrairement à "cor" qui peut sortir la matrice de corrélation d'un ensemble de variables x par rapport à un ensemble de variables y) )

Ci-dessous un exemple:

Code : Tout sélectionner

DAT = matrix (data = c (rnorm (10), rnorm (10),rnorm (10)), nrow =
10, byrow = F)
DAT = as.data.frame (DAT)
library('jmv')
corrMatrix(data= DAT, ci=T, vars = c("V1", "V2", "V3"))



Merci d'avance pour toute votre aide !

Flora Grappelli
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Re: Matrice de corrélation avec intervalles de confiance bootstrappés

Messagepar Flora Grappelli » 10 Aoû 2018, 08:28

Entre temps, j'ai réussi à programmer une matrice de corrélation avec intervalles de confiance bootstrappés.
S'il y a des peronnes intéréssées, je pourrais leur envoyer le code.

Bonne journée !


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