Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

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Matthias GABORIAU
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Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Matthias GABORIAU » 17 Déc 2018, 18:22

Bonjour,

J'ai installé la version 3.5.1 de R sur mon ordinateur et je souhaite utiliser une "plateforme" d'analyse de donnée (sorte d'interface) qui utilise le logciel R en arrière plan pour faire tourner les scripts et analyser les données. Le problème est que cette application a besoin que le package mvpart soit installé, hors ce dernier a été retiré du CRAN. J'ai donc installé la version trouvée dans les archives, mais quand je lance la plateforme, le message d'erreur suivant apparaît : "Erreur : le package ‘mvpart’ a été compilé avant R 3.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait".
Il faut donc que je recompile le package, mais je ne sais pas comment faire ... :-( :-( :-(
Quelqu'un connait-il les différentes lignes de code pour cette recompilation ? ça pourrait me sauver la vie !!!

Merci d'avance.
Matthias

Eric Casellas
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Enregistré le : 06 Jan 2009, 14:59

Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Eric Casellas » 18 Déc 2018, 11:07

Bonjour,
La doc officielle pour l'installation de paquets R https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installing-packages
Pour compiler les sources dans un environnement Windows il te faut avoir https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#The-Windows-toolset

Eric
Eric

Matthias GABORIAU
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Matthias GABORIAU » 20 Déc 2018, 17:46

Merci Eric pour votre réponse. Cependant, malgré mes effort et étant biologiste, ça reste complexe de suivre pas à pas des étapes que je ne comprends pas très bien. c'est presque du chinois pour moi. Je pensais qu'il y aurai une combinaison de ligne de code qui existait pour re-compiler le package à partir du fichier source (mvpart_1.6-2.tar.gz) présent dans les archives. Bref, cela restera un mystère non résolu pour moi.

Merci quand même

Cordialement

Guillaume Devailly
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Guillaume Devailly » 21 Déc 2018, 07:55

Bonjour,

ma crainte principale était que si il avait disparut du CRAN, ca devait être pour une bonne raison (incompatibilité logicielle, problème de dépendance, etc.), mais je n'en ai rencontré aucune sous R 3.5.2 (j'imagine qu'il en sera de même pour R 3.5.1).

La procédure :
1- télécharger mvpart_1.6-2.tar.gz depuis l'archive de CRAN.
2- lancer R et taper :

Code : Tout sélectionner

install.packages("chemin/vers/mvpart_1.6-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

(je vous laisse adapter avec le chemin correct vers le fichier téléchargé).
3- le package est normalement maintenant installé, il peut se charger avec:

Code : Tout sélectionner

library(mvpart)


Des méthodes alternatives d'installations sont décrites ici :
https://bookdown.org/forestgeoguest/mpart/mvpart.html#installation

Reste qu'il serait peut-être temps de passer à une alternative plus "moderne" et mieux soutenue par la communauté ?

Eric Wajnberg
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Eric Wajnberg » 21 Déc 2018, 09:51

Matthias GABORIAU a écrit :Merci Eric pour votre réponse. Cependant, malgré mes effort et étant biologiste, ..

Heu, c'est quoi le message là ? Les biologistes seraient-ils tous nuls en informatique ? Je ne partage pas cette idée (si c'est bien celle-ci qui est donnée ici).

:)

Eric.

jean lobry
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar jean lobry » 21 Déc 2018, 17:58

Bonjour,

la question avait déjà été posée en 2016 sur ce forum, ce n'est pas très bon signe si elle est toujours d'actualité. Ma suggestion serait de contacter les auteurs de la "platforme" pour qu'ils règlent cette question de dépendance à un paquet qui n'est plus activement maintenu. La note d'archivage dit : Archived on 2014-12-13 as UBSAN errors were not corrected after months of reports and two deadlines, et les erreurs de type UBSAN signifient que les fourches caudines de UndefinedBehaviorSanitizer ont détecté un code dont l’exécution est potentiellement non définie, ce qui fait un peu froid dans le dos pour la reproductibilité des résultats.

Bien amicalement,

jean lobry

Matthias GABORIAU
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Matthias GABORIAU » 24 Déc 2018, 16:59

Bonjour à tous,

Désolé de mon absence temporaire. Je suis heureux de voir que l'entre-aide est vraiment efficace et je vous remercie tous de votre disponibilité et de votre réactivité. C'est noël et devinez quoi ??? J'ai réussi à installer le package mvpart ... Oui, c'est bien grâce à vous et pas parce que c'est Noël. Je précise, sinon je risque de me refaire recadrer par Mr Eric Wajnberg, pour qui BTW j'ai le plus grand respect. J'ai eu le privilège de suivre vos cours de master à Nice et je vous serai éternellement reconnaissant de m'avoir fait comprendre et aimer les statistiques !!! Mon cher Eric, je ne faisait aucune généralité à propos des biologistes :-) c'était juste pour tenter de justifier ma nullité en informatique, je ne visais personne d'autre.

Pour ceux que ça intéresse, j'ai procédé de la manière suivante.
J'ai dans un premier temps suivi les conseils de Guillaume et taper la ligne de commande suivante :
-> install.packages("C:/Users/Matth/Downloads/mvpart_1.6-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
Mais le résultat a été suivant :
Installation du package dans ‘C:/Users/Matth/Documents/R/win-library/3.5’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
* installing *source* package 'mvpart' ...
** package 'mvpart' correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** libs

*** arch - i386
Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'mvpart'
* removing 'C:/Users/Matth/Documents/R/win-library/3.5/mvpart'
* restoring previous 'C:/Users/Matth/Documents/R/win-library/3.5/mvpart'
In R CMD INSTALL
Warning message:
In install.packages("C:/Users/Matth/Downloads/mvpart_1.6-2.tar.gz", :
l'installation du package ‘C:/Users/Matth/Downloads/mvpart_1.6-2.tar.gz’ a eu un statut de sortie non nul

J'ai donc poussé la recherche avec le lien https://bookdown.org/forestgeoguest/mpa ... stallation et taper les commandes suivantes :
> install.packages("devtools") après avoir choisi le miroir CRAN de mon choix (en l’occurrence Montpellier)
Puis
> devtools::install_github("cran/mvpart") qui a fonctionné la seconde fois après le téléchargement de Rtools (Rtools35.exe) disponible sur la page https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
Et voilà, le package était installé comme par magie. Je dis ça, car j'avais déjà réalisé ces étapes plusieurs fois auparavant, installé Rtools plusieurs fois également, mais rien n'avais fonctionné ...
Je pense que la différence cette fois-ci a été le paramétrage de l'installation de Rtools. Je n'ai pas laissé les paramètres de base, mais j'ai bêtement coché toutes les cases disponibles en me disant que je mettais toutes les chances de mon côté.
Si ça ne vient pas de là, je suis malheureusement incapable de vous dire ce qui a changé par rapport à mes nombreuses tentatives précédentes.
Je vous remercie tous pour votre aide et vous souhaite de bonnes fêtes.
Bien cordialement,
Matthias

PS @ jean lobry : J'ai bien évidement contacté les auteurs de la plateforme et les ai informé de cette dificulté. Je leur ferai remonter le résultat de notre conversation et ça résolution grâce à votre concours. En revanche, pour la suite du message, j'espère qu'elle ne m'était pas destinée ou il vous faudra employer des termes moins techniques. Cordialement

Eric Wajnberg
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Re: Problème d'installation de Package avec R 3.5.1

Messagepar Eric Wajnberg » 27 Déc 2018, 06:33

Matthias GABORIAU a écrit :Je précise, sinon je risque de me refaire recadrer par Mr Eric Wajnberg, pour qui BTW j'ai le plus grand respect. J'ai eu le privilège de suivre vos cours de master à Nice et je vous serai éternellement reconnaissant de m'avoir fait comprendre et aimer les statistiques !!! Mon cher Eric, je ne faisait aucune généralité à propos des biologistes :-) c'était juste pour tenter de justifier ma nullité en informatique, je ne visais personne d'autre.

Ok, Pas de problème !

Eric.


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