Production de graphique en boucle

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Pierre-Marc Chouinard
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Production de graphique en boucle

Messagepar Pierre-Marc Chouinard » 09 Jan 2019, 16:42

Salut

J'essais de produire un série de tableaux et de graphiques de type histograme, pour une sélection d'espèce, intéger a un rapport Marckdown. J'arrive à produire et exporté mes tableaux et figures avec cette boucle, cependant seul le dernier tableau et figure apparaissent dans le rapport Markdown. Je crois que c'est principalement dû au fait que ma nouvelle figure écrase l'ancienne à chaque tour de boucle pour produire la suivante. Je n'arrive cependant pas à modifier le code de la bonne façon, pour continuer à pouvoir sauvegarder mes fichiers, mais réussi aussi à les afficher aussi dans Markdown. J'imagine que le nom de ma figure devrait être incrémenter à chaque tour de boucle, mais je n'y parveient pas...


> LISTE_SELECT_UNIQUE:
A
1 Capelan
2 Chaboisseau à épines courtes
3 Crabe commun
4 Crevette grise de sable
5 Homard d'Amérique
6 Loquette d'Amérique
7 Merluche blanche
8 Morue ssp
9 Plie rouge


> CAPTURE
Espèce2 Annee Mois Nombre
1 Plie rouge 2015 août 215
2 Plie rouge 2015 juillet 123
3 Plie rouge 2015 juin 211
4 Plie rouge 2015 mai 29
5 Plie rouge 2015 septembre 82
6 Plie rouge 2016 août 220
7 Plie rouge 2016 juillet 129
8 Plie rouge 2016 juin 103
9 Plie rouge 2016 mai 24
10 Plie rouge 2016 septembre 54
11 Plie rouge 2017 août 142
12 Plie rouge 2017 juillet 268
13 Plie rouge 2017 juin 131
14 Plie rouge 2017 mai 43
15 Plie rouge 2017 septembre 53


Code : Tout sélectionner

n=nrow(LISTE_SELECT_UNIQUE)
for (i in 1:n) {

Espece_analysé<-LISTE_SELECT_UNIQUE[i,]
Espece_analysé

ESP<-ESP_SELECT[which(ESP_SELECT$Espèce2 %in% c(Espece_analysé)),]
CAPTURE <- summaryBy(Nombre ~ Espèce2+Annee+Mois,na.rm=TRUE,
               data = ESP,keep.names=TRUE, FUN = sum)


write.csv2(CAPTURE, file=paste("CAP_",Espece_analysé,".csv", sep=""), row.names=F)


##Graph
a<- ggplot(data=CAPTURE, aes(x=Annee, y=Nombre, fill=Mois)) + ggtitle(Espece_analysé) +
  geom_bar(stat="identity")+theme(axis.text.x = element_text(size=12, angle=90))+ facet_grid(. ~ Mois, scales = "free")+
  ggsave(paste("Histo_",Espece_analysé,".pdf"))

}
kable(CAPTURE)
a                                         

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