R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

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Emmanuelle Beyne
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R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Emmanuelle Beyne » 15 Fév 2019, 13:53

Bonjour,

je découvre shiny en arrivant sur un nouveau projet où je reprend un pipeline.
Le pipeline a été écrit sous R 3.4.3 et shiny 1.0.5, et s'exécute avec Rstudio. Je dois faire évoluer ce pipeline et je suis sous R 3.5.1 et shiny 1.2 mais dans cet environnement, il plante.

La page user-friendly (à destination du biologiste) permet :
- le choix du répertoire pour sauvegarder les résultats : le répertoire choisi apparaît sur la page
- le choix du répertoire (rep_data) où sont les données NGS à analyser (dans des sous-répertoires) : le répertoire choisi apparaît sur la page
- le choix de l'analyse à faire (j'ai restreint à une seule pour simplification)
- et lancer l'analyse

J'ai simplifié l'analyse NGS pour mes tests à :

Code : Tout sélectionner

pour chaque sous-répertoire du rép_data
   ajouter le chemin complet du sous-répertoire dans un fichier
fin_pour


voici le code correspondant :

Code : Tout sélectionner

library(shiny)
packages <- c("data.table", "Biostrings", "ggplot2", "ggridges", "plyr", "reshape2", "rstudioapi", "scales",
             "shinyBS", "shinycssloaders","shinyFiles", "shinyjs", "tidyr", "viridis", "viridisLite", "yaml")
# shinyBS = shiny Bootstrap Controls as bsTooltip
## If a package if not available, install it.
if (length(setdiff(packages, rownames(installed.packages()))) > 0) {
 install.packages(setdiff(packages, rownames(installed.packages())))}
#Load the packages
lapply(packages, require, character.only = TRUE)

# /***** Define UI for app  *****/
ui <- fluidPage(
  ## App title
  titlePanel(title ="My_pipeline"),
 
  ## ask for main directory
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(shinyDirButton("nanopath", "Main directory", "Please choose main directory")),
    mainPanel(h4("Main directory"),
              verbatimTextOutput("nanopath", placeholder = TRUE))),
  ## tooltip for main directory
  bsTooltip('nanopath', "The folder where you save the outcome of Nanoflow.", placement="top"),

  ## ask for fast5 raw directory
  sidebarLayout( #
   sidebarPanel(shinyDirButton("rawFast5Dir", "Fast5 raw directory", "Please choose Fast5 raw directory")),
   mainPanel(h4("Fast5 raw directory"),
             verbatimTextOutput("rawFast5Dir", placeholder = TRUE))),
  ## tooltip for fast5 raw directory
  bsTooltip('rawFast5Dir', "A Fast5 folder created during the MinION run.", placement="top"),
  ## set the launch button
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      actionButton("goButton", "Launch!"),
      p("Click to start the analysis.")),
    mainPanel(
      h5(textOutput("progress.1", container = span)))),
  ## ask for input (analysis type)
  column(4,
         selectInput("workflow", h3("Select Analysis"),
                     choices = list("Basecalling"),
                     selected = 1))
)
# /***** end of UI *****/

# /***** Define server for app *****/
server <- function(input, output) {
  ## Set Main directory path
  shinyDirChoose(input, "nanopath", roots = c(home = '~'), filetypes = c('', 'txt')) # show only *.txt files
  nanopath <- reactive(input$nanopath) ## Get the path
  output$nanopath <- renderText({  ## Display the path
    parseDirPath(c(home = '~'), nanopath())
  })

  ## Set the working directory
  observeEvent(ignoreNULL = TRUE,
    eventExpr = {
      input$nanopath
    },
    handlerExpr = {
      home <- normalizePath("~")
      nanodir <<- file.path(home, paste(unlist(nanopath()$path), collapse = .Platform$file.sep))
      setwd(nanodir)
    }
  )

  ## Set the Fast5dir path -- original code --
  shinyDirChoose(input, 'rawFast5Dir', roots = c(home = '~'), filetypes = c('', 'txt'))
  rawFast5Dir <- reactive(input$rawFast5Dir) ## Get the path
  output$rawFast5Dir <- renderText({  ## Display the path
    parseDirPath(c(home = '~'), rawFast5Dir())
  })
  ## Set the fast5 and basecalled directories
  observeEvent(ignoreNULL = TRUE,
    eventExpr = {
      input$rawFast5Dir
    },
    handlerExpr = {
      home <- normalizePath("~")
      fast5path <<- file.path(home, paste(unlist(rawFast5Dir()$path[-1]), collapse = .Platform$file.sep))
      basecalledDir <<- paste(nanodir, "/basecalled",sep='') # gsub('(.*)/\\w+', '\\1'
    }
  )
 
  ## clicking button. The outcome will depend of the chosen options
  observeEvent(input$goButton, {
    if(input$workflow == 'Basecalling'){
      withProgress(message = 'Basecalling', value = 0, {
        # Number of times we'll go through the loop
        n <- as.numeric(system(paste('ls -d ', fast5path, '/*/ | wc -l', sep=""), intern = TRUE))
        system(paste('mkdir -p ', basecalledDir, sep=''))
        fast5folders <- system(paste('ls -d ', fast5path, '/*/ ', sep=""), intern = TRUE)
       fast5folders<- substr(fast5folders, 1, nchar(fast5folders)-1)
       for(i in fast5folders){
         incProgress(1/n, detail = paste("Processing folder ", basename(i)))
         system(paste('echo ',i, ' >> ', basecalledDir, '/toto.txt', sep='' ))
        }
      })
      output$progress.1 <- renderText({
        paste("Basecalling finished at ", Sys.time(), ". Basecalled fast5 files were saved to: ", basecalledDir, sep="")
      })
    }
  })
}
# /***** end of server *****/

# /***** run app *****/
shinyApp(ui = ui, server = server)

Ce code fonctionne sous R 3.4.3 et shiny 1.0.5
Mais sour R 3.5.1 et shiny 1.2, je ne peux choisir aucun répertoire et j'ai ce message erreur :

Code : Tout sélectionner

Warning: Error in $: $ operator is invalid for atomic vectors
  79: unlist
  72: observeEventHandler [/Users/2018eb005/Documents/work/byPeople/Emmanuelle/app-NanoFlow-EB/app.R#84]

Après plusieurs recherches sur google, j'ai lu qu'avec shiny1.2, il fallait préciser le type de la valeur dans handleExp comme cela :

Code : Tout sélectionner

handlerExpr = {
      req(is.list(nanopath)) ## new v.1.2
      home <- normalizePath("~")
      nanodir <<- file.path(home, paste(unlist(nanopath()$path), collapse = .Platform$file.sep))
      setwd(nanodir)
    }

et

Code : Tout sélectionner

handlerExpr = {
      req(is.list(rawFast5Dir)) ## new v.1.2
      home <- normalizePath("~")
      fast5path <<- file.path(home, paste(unlist(rawFast5Dir()$path[-1]), collapse = .Platform$file.sep))
      basecalledDir <<- paste(nanodir, "/basecalled",sep='') # gsub('(.*)/\\w+', '\\1'
    }

Mais j'obtiens alors un autre message erreur :

Code : Tout sélectionner

Warning: Error in eval: objet 'fast5path' introuvable
  81: eval
  80: eval
  78: standardGeneric
  77: paste
  72: observeEventHandler [/Users/2018eb005/Documents/work/byPeople/Emmanuelle/app-NanoFlow-EB/app.R#112]


Au cours de mes différents test, j'ai aussi eu un message du genre

Code : Tout sélectionner

setwd() : could'nt change the working directory

Est-ce lié au problème précédent?
Et ce n'est que le début du pipeline.... :-/
Je continue à débugger mais c'est à tâton, alors quelqu'un pourrait-il m'aider, s'il vous plaît? Merci!!

Emmanuelle

Mickael Canouil
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Re: R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Mickael Canouil » 17 Fév 2019, 13:43

Bonjour,

Pourquoi vouloir changer de répertoire de travail à la volée ?
Il est plus simple et plus fiable de rester dans le répertoire de l'application et travailler depuis les chemins absolu stocker dans un objet 'reactive'.
De plus les affectations à l'environnement globale '<<-' ne sont pas sans risques, d'autant plus que ces affectations dépendent d'un objet/champ 'reactive'.
Ces affectations à l'environnement globale et les changements de répertoires ne devraient pas avoir lieu au sein d'une application Shiny.

Installer les packages lorsqu'ils sont manquants en live dans une application me semble être une mauvaise idée car il n'y a aucun contrôle ici sur la version du package installée et donc cela peut "casser" l'application à tout moment.
Il serait plus sage de forcer un arrêt de l'application si un package est manquant, pour par la suite l'installer et déboguer ou non l'application.

Code : Tout sélectionner

packages <- c(
  "shiny", "data.table", "Biostrings", "ggplot2", "ggridges", "plyr",
  "reshape2", "rstudioapi", "scales", "shinyBS", "shinycssloaders",
  "shinyFiles", "shinyjs", "tidyr", "viridis", "viridisLite", "yaml"
)
stopifnot(all(sapply(packages, require, character.only = TRUE)))


Il est possible aussi d'installer une version spécifique d'un package 'devtools::install_version()'.
Dans un premier temps, ça peut-être une solution pour avoir une application fonctionnelle, puis mettre à jour celle-ci dans la nouvelle version du/des package(s), tout en corrigeant les "mauvaises pratiques" du pipeline d'origine.
Mickaël

Emmanuelle Beyne
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Re: R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Emmanuelle Beyne » 18 Fév 2019, 08:13

Merci pour vos conseils, je vais tenter de corriger tout ça...


Emmanuelle

Emmanuelle Beyne
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Re: R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Emmanuelle Beyne » 20 Fév 2019, 09:54

Bonjour,

j'y arrive... Merci pour l'idée du 'devtools::install_version()' : cela me permettra d'avoir une version stable à déployer sur un autre ordi (ce qui doit être fait à terme).
Ce n'est sans doute pas codé dans les règles de l'art mais ça marche :

Code : Tout sélectionner

server <- function(input, output, session) { #, session
  volumes = getVolumes()
  ## 1. for result folder
  shinyDirChoose(input, 'resultFolder', roots = volumes, session = session, restrictions = system.file(package = 'base') )
  resultFolder <- reactive(input$resultFolder)
  output$resultFolder = renderText({ parseDirPath(volumes, resultFolder()) }) #c(home = '~'),
 
  ## 2. for fast5 raw data folder
  shinyDirChoose(input, 'rawFast5Dir', roots = volumes, session = session, restrictions = system.file(package = 'base'))
  rawFast5Dir <- reactive(input$rawFast5Dir)
  output$rawFast5Dir = renderText({ parseDirPath(volumes, rawFast5Dir()) }) # dans boite de dialogue : on voit l'arboresence
 
  observeEvent(eventExpr = {input$goButton},
              label = TRUE, {
                ## generic folder for put results
                resultDir <- toString(parseDirPath(volumes,resultFolder()))
                if (input$workflow == 'Basecalling') {
                  withProgress(message = 'Basecalling', value = 0, {
                    ## create folder for basecalling results
                    basecalledDir <- paste(gsub(" ", "\\ ", resultDir, fixed = TRUE), "/basecalled", sep='')
                    system(paste('mkdir -p ', basecalledDir, sep=''))
                    ## list the raw fast5 folder, count times we'll go through the loop
                    fast5path <- toString(parseDirPath(volumes,rawFast5Dir()))
                    fast5folders <- system(paste('ls -d ', gsub(" ", "\\ ",fast5path, fixed = TRUE), '/*/', sep=''), intern = TRUE)
                    n <- as.numeric(system(paste('ls -d ', gsub(" ", "\\ ",fast5path, fixed = TRUE), '/*/ | wc -l', sep=''), intern = TRUE))
                     for (i in fast5folders) {
                       incProgress(1/n, detail = paste("Processing folder ", basename(i) ))
                       system(paste('echo ', i, ' >> ', basecalledDir, '/toto.txt', sep='' ))                     
                     }
                   })
                  output$progress.1 <- renderText({
                    paste("Basecalling finished at ", Sys.time(), ". Basecalled fast5 files were saved to: ", gsub("\\ ", " ", basecalledDir, fixed = TRUE), sep="")
                  })
                }
              }
   )
}


Je considère le sujet comme résolu. Merci !
Emmanuelle

Serge Rapenne
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Re: R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Serge Rapenne » 20 Fév 2019, 10:22

Bonjour,

Mon petit grain de sel.
Si l'application shiny, n'a pas besoin d’être déployer en dehors de ton organisation, le plus simple est de mettre en place un shiny-server. Ça s'installe en 2 coups de cuillère à pot sur un petit serveur linux et plus de pb de déploiement. Il n'y a plus à diffuser de programme à chaque mise à jour, plus de pb de version de package ...

Serge

Emmanuelle Beyne
Messages : 4
Enregistré le : 15 Fév 2019, 12:35

Re: R shiny : problème après update version 1.0 -> 1.2

Messagepar Emmanuelle Beyne » 20 Fév 2019, 10:34

Dans mon cas, le pipeline doit être installé/installable sur des portables ou ordis en Afrique, sur le terrain, où la connexion internet ne marche pas toujours. Selon le centre, il y a (ou pas) un info/bioinfo mais ce sont des biologistes qui seront amenés à utiliser l'appli. D'où le "clef en main" ou presque... Je n'ai pas encore réfléchi à mettre en conteneur (Singularity?) pour avoir tout sous la main : priorité à un pipeline qui marche...

Emmanuelle


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