problème non résolu sur script

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

mafab francoise
Messages : 25
Enregistré le : 01 Avr 2018, 16:14

problème non résolu sur script

Messagepar mafab francoise » 06 Mai 2019, 10:26

Bonjour,
j'ai un souci je pense très facile à résoudre mais je n'y arrive pas !

voici à quoi ressemble mon tableau de donnée
Sites Mois Transect Densite Coraux_vivant
1 Turtle_point Fevrier 1 2 15.8035714
2 Turtle_point Fevrier 2 3 8.0000000
3 Turtle_point Fevrier 3 2 5.9259259
4 Turtle_point Mars 1 1 6.7045455
5 Turtle_point Mars 2 2 4.6590909
6 Turtle_point Mars 3 5 6.5217391
7 Turtle_point Avril 1 2 4.6551724
8 Turtle_point Avril 2 1 0.9090909
9 Turtle_point Avril 3 3 4.0625000

je souhaite effectuer un test de corrélation et obtenir les p-values par site en fonction des différents mois
pour cela j'ai créer un tableau subset :

aa<-subset(data,Sites=="Turtle_point" & Mois=="Fevrier")

cor.test(Densite,Coraux_vivant,method="spearman")

ma question est comment faire pour prendre en compte le tableau subset dans mes test futur ?

merci d'avance
Marine

matthieu faron
Messages : 586
Enregistré le : 16 Fév 2011, 11:23

Re: problème non résolu sur script

Messagepar matthieu faron » 06 Mai 2019, 11:31

Bonjour,

Pas très facile de répondre avec si peu d'information... je suppose que si la ligne du cor.test marche c'est que vous avez "attaché" le data.frame dans l'environnement de travail.

Pour faire le test sur subset aa

Code : Tout sélectionner

cor.test(aa$Densite,aa$Coraux_vivant,method="spearman")


Sinon vous pouvez en effet faire tous les tests simplement avec :

Code : Tout sélectionner

library(tidyverse)
votre_tableau %>% group_by(Sites, Mois) %>% summarise(correlation = map2(Densite, Coraux, cor.test, method = "spearman"))


NB dernier code non testé faute d'exemple facilement reproductible mais c'est l'idée pour ne pas passer par des subsets...
Matthieu FARON

mafab francoise
Messages : 25
Enregistré le : 01 Avr 2018, 16:14

Re: problème non résolu sur script

Messagepar mafab francoise » 07 Mai 2019, 04:59

MERCI infiniment je n'avais pas attach le tableau subset aa du coup il me faisait les test sur le tableau en entier
votre réponse était très clair
merci

Eric Wajnberg
Messages : 776
Enregistré le : 11 Aoû 2008, 15:37
Contact :

Re: problème non résolu sur script

Messagepar Eric Wajnberg » 07 Mai 2019, 05:23

Honnêtement, appeler votre post "problème non résolu sur script" n'est guère explicite. Tout d'abord, ça ne décrit pas votre problème réel. Par ailleurs, objectivement, il n'y aucun script dans votre question. J'ai mis du temps à comprendre de quoi il retournait. Merci d'utiliser (à l'avenir) des titres de post plus explicites.

Eric.

matthieu faron
Messages : 586
Enregistré le : 16 Fév 2011, 11:23

Re: problème non résolu sur script

Messagepar matthieu faron » 07 Mai 2019, 05:42

C'est pourquoi je trouve qu'il vaut mieux éviter d'utiliser cette fonction attach car après on ne sait plus sur quel data.frame on fait ces calculs.
Ça prend à peine plus de temps de préciser le data.frame et finalement c'est plus "simple" car on est certain du tableau sur lequel se font les calculs...
Matthieu FARON


Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Google [Bot] et 1 invité