Specaccum, NaN produced

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kenji maurice
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Specaccum, NaN produced

Messagepar kenji maurice » 13 Mai 2019, 14:12

Bonjour, j'essaye d'effectuer une courbe de rarefaction avec la fonction specaccum du package vegan.

Un problème occure lorsque j'essaye de réaliser le modèle de lomolino et m'affiche le message d'erreur suivant :

Code : Tout sélectionner

Error in qr.default(.swts * gr) :
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
In addition: Warning message:
In log(slope) : NaNs produced


Le code vient d'un exemple, dont les données sont disposées de la même façon que les miennes. Et fonctionnent normalement sur cet exemple

Code : Tout sélectionner

data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI)
sp2 <- specaccum(BCI, "random")
sp2
summary(sp2)
plot(sp1, ci.type="poly", col="blue", lwd=2, ci.lty=0, ci.col="lightblue")
boxplot(sp2, col="yellow", add=TRUE, pch="+")
## Fit Lomolino model to the exact accumulation
mod1 <- fitspecaccum(sp1, "lomolino")
coef(mod1)
fitted(mod1)
plot(sp1)
## Add Lomolino model using argument 'add'
plot(mod1, add = TRUE, col=2, lwd=2)
## Fit Arrhenius models to all random accumulations
mods <- fitspecaccum(sp2, "arrh")
plot(mods, col="hotpink")
boxplot(sp2, col = "yellow", border = "blue", lty=1, cex=0.3, add= TRUE)
## Use nls() methods to the list of models
sapply(mods$models, AIC)

Le reste des fonctions fonctionne normalement, seul

Code : Tout sélectionner

mod1 <- fitspecaccum(sp1, "lomolino")
ne fonctionne pas. Cela vient-il de la nature de mes données (présence-absence donc beaucoup de 0) ?

Merci d'avance

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