Bonjour,
J'ai effectuée une NMDS avec le script ci-dessous, mes questions sont les suivantes:
Comment interpréter le fait que certaines ellipses ne contiennent aucun site? Que signifie les segments suivis d'une boule composant les ellipses
Existe-t-il une fonction me permettant de récupérer les espèces caractéristiques des groupes issues de mes cluster?
Comment faire en sorte que mes flèches correspondant aux variables de gestions ne sortent pas du graphique?
Merci infiniement.
Perrine Lagarde
Eléments principaux du scripts:
Tableaux de variables de gestions (arrosage: 0,1,2; bovin: 0,1;equin: 0,1; date d'abandon de la culture du riz par classe: 0, 1,2,3,4,5)
env_Canav<-(AFC_CINQ_POURC[0:73,3:15])
Tableau de contingence site/espèce, ayant les pourcentage de recouvrement des espèces obtenus à partir des indices de braun-blanquets aux croisements ligne/espèces:
MDS_data_Canav<-(AFC_CINQ_POURC[0:73,17:75])
MDS_veg_Canav<-metaMDS(MDS_data_Canav,distance = "bray",k = 5, trymax = 50,wascores = T, autotransform=F,plot=T)
#création de cluster de sites en fonction de leur distance calculée à partir de MDS_data_Canav
dist_veg_Canav <- vegdist(MDS_data_Canav, method = "bray")
ClassFLORE_NMDS_Canav<-hclust(dist_veg_Canav,method = "ward.D2")
x_NMDS_Canav<-cutree(ClassFLORE_NMDS_Canav, k=10, h=T)
env_Canav$x_NMDS_Canav<-as.factor(x_NMDS_Canav)
x11()
plot(MDS_veg_Canav$points[,1:2],display = "species", type = "text", cex = 1.5)
text(MDS_veg_Canav, colnames(MDS_veg_Canav), cex=0.8, col="blue",repel = TRUE,add=T)
#affichage de mes groupes de sites issus de la fonctions hclust, appliquée à "MDS_data_Canav"
s.class(MDS_veg_Canav$points[,1:2], env_Canav$x_NMDS_Canav,cstar=0, cpoint=0, clabel=0.5, cellipse=0.5, add.plot=T, col= c("mediumseagreen", "darkolivegreen2","khaki3","chartreuse3","chartreuse","aquamarine","cadetblue2","darkseagreen","aquamarine4","gold4","khaki1"))##facteur utilisé pour les ellipses
orditorp(MDS_veg_Canav,display="sites",col="blue",
air=0.01,cex=0.7,pch=17)
cnam_Canav <- make.cepnames(names(MDS_data_Canav))
orditorp(MDS_veg_Canav,display="species",label= cnam_Canav,col="black",air=0.01,repel = TRUE)
#Ajout de mes variables environnementales
data.envfit_Canav <- envfit(MDS_veg_Canav,env_Canav[,1:12])
plot(data.envfit_Canav,p.max = 0.05,col= "darkmagenta",cex=0.7, arrowsize=8)