gestion des hexagones dans la fonction geom_hex

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Mathieu Lagarde
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gestion des hexagones dans la fonction geom_hex

Messagepar Mathieu Lagarde » 21 Aoû 2019, 13:34

Bonjour,
Je réalise quelques cartes de répartition d'espèces. J'ai un tableur avec mes données géolocalisées, ainsi que mes fichiers shapes.
A partir de cette table, j'ai extrait 3 "couches" en fonction d'une variable calculée d'après l'ancienneté de la donnée. Elle comporte les valeurs suivantes: "ANC", "REC" & "ACT".

Pour réaliser mes cartes, j'ai choisi d'utiliser la fonction geom_hex.
J'ai testé une première fois l'argument "bins". Tout semble fonctionner avec mon fichier de 30000 lignes.
Puis j'ai voulu paramétrer mes hexagones de façon à définir leur aire avec l'argument "binwidth". De là, plusieurs questions / problèmes.

    binwidth est définit comme étant un "Numeric vector giving bin width in both vertical and horizontal directions". Quelles sont exactement ces deux dimensions? Pour moi, dans binwidth = c(x, y), x = 2 apothèmes de l'hexagone régulier, et y = 2a, pour a la longueur du côté de l'hexagone. Mais je ne suis pas certain de mon coup.
    Sinon, existe-t-il un autre moyen de définir l'aire des hexagones réguliers produits?

    en utilisant l'argument "bins", les hexagones des trois couches ("ANC", "REC" & "ACT") se superposent parfaitement. Mais avec l'argument "binwidth", ce n'est pas le cas. Deux des trois couches semblent bien se superposer, mais la 3e est décalée sur les deux axes. Comment puis-je faire pour que les hexagones se superposent parfaitement entre les 3 couches?

    enfin, avec l'exemple simplifié à l'extrême ci-dessous, plus rien de fonctionne: les hexagones sont de forme et de tailles complètement différentes.


voici mon code:

Code : Tout sélectionner

library(ggplot2)
library(hexbin)
library("rgdal")

data <- read.delim("data.txt")
FRA <- readOGR("gadm36_FRA_0.shp",layer="gadm36_FRA_0")
FRA_df <- fortify(FRA)

###définition des couches de points en fonctions de l’ancienneté de la donnée
df_layer_ANC <- data[data$SYNTH_PERIODE =="ANC",]
df_layer_REC <- data[data$SYNTH_PERIODE =="REC",]
df_layer_ACT <- data[data$SYNTH_PERIODE =="ACT",]

#bins
for(Var in unique(data$TAXO_STAND))
{
  final.plot <- ggplot(subset(data, TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y)) +
coord_sf(xlim = c(75000, 1260000), ylim = c(6000000, 7150000), expand = FALSE) +
geom_polygon(data = FRA_df, aes(x = long, y = lat, group = group), fill='antiquewhite') +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="ANC",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="yellow",  color = 'darkgrey', bins=100) +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="REC",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="orange",  color = 'darkgrey', bins=100) +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="ACT",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="#FF0000", color = 'darkgrey', bins=100) +
theme(axis.title.x = element_blank(),axis.text.x = element_blank(),axis.title.y = element_blank(),axis.text.y = element_blank(), panel.grid.minor.x=element_blank(),panel.grid.major.x=element_blank(),panel.grid.minor.y=element_blank(),panel.grid.major.y=element_blank())
ggsave(final.plot, file = paste0(Var, "_bins.png"), scale = 2)
print(final.plot)
}

#binwidth
for(Var in unique(data$TAXO_STAND))
{
  final.plot <- ggplot(subset(data, TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y)) +
coord_sf(xlim = c(75000, 1260000), ylim = c(6000000, 7150000), expand = FALSE) +
geom_polygon(data = FRA_df, aes(x = long, y = lat, group = group), fill='antiquewhite') +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="ANC",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="yellow",  color = 'darkgrey', binwidth=c(24028.11,27745.28)) +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="REC",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="orange",  color = 'darkgrey', binwidth=c(24028.11,27745.28)) +
    geom_hex(data= subset(data[data$SYNTH_PERIODE =="ACT",], TAXO_STAND == Var), aes(x = X, y = Y), fill="#FF0000", color = 'darkgrey', binwidth=c(24028.11,27745.28)) +
theme(axis.title.x = element_blank(),axis.text.x = element_blank(),axis.title.y = element_blank(),axis.text.y = element_blank(), panel.grid.minor.x=element_blank(),panel.grid.major.x=element_blank(),panel.grid.minor.y=element_blank(),panel.grid.major.y=element_blank())
ggsave(final.plot, file = paste0(Var, "_binwidth.png"), scale = 2)
print(final.plot)
}

Mes données (ultra simplifiées) sont structurées ainsi:

Code : Tout sélectionner

TAXO_STAND   OBSE_DATE2   SYNTH_PERIODE   X   Y
SP1   29/05/2012   ACT   1203700   6172200
SP1   16/06/2012   ACT   296800   6754700
SP1   07/06/1997   REC   502500   6502400
SP1   04/06/2016   ACT   1165500   6133700
SP1   11/06/1935   ANC   661300   6894000
SP2   30/06/1999   ACT   318900   6741200
SP2   07/04/1990   REC   585500   6360300
SP2   NA   REC   892530   6245660
SP2   26/05/1928   ANC   821900   6319800
SP2   NA   ANC   847300   6526300

En voici la sortie de dput()

Code : Tout sélectionner

structure(list(TAXO_STAND = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("SP1", "SP2"), class = "factor"),
    OBSE_DATE2 = structure(c(7L, 5L, 3L, 1L, 4L, 8L, 2L, NA,
    6L, NA), .Label = c("04/06/2016", "07/04/1990", "07/06/1997",
    "11/06/1935", "16/06/2012", "26/05/1928", "29/05/2012", "30/06/1999"
    ), class = "factor"), SYNTH_PERIODE = structure(c(1L, 1L,
    3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 3L, 2L, 2L), .Label = c("ACT", "ANC",
    "REC"), class = "factor"), X = c(1203700L, 296800L, 502500L,
    1165500L, 661300L, 318900L, 585500L, 892530L, 821900L, 847300L
    ), Y = c(6172200L, 6754700L, 6502400L, 6133700L, 6894000L,
    6741200L, 6360300L, 6245660L, 6319800L, 6526300L)), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-10L))

D'avance, merci pour votre aide.
Très bonne journée,
Mat'

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