Relier individus sur nuage de point

[Marjorie Cellier]

Bonjour,

Dans mes données j'ai des individus en ligne et leur poids, leur taille et leur stade en colonne. Un même individu peut avoir plusieurs lignes associées s'il passe par tous les stades.
ind Poids Taille Stade
1 0,5 10 OP
2 0,77 12 OP
3 0,65 9 OP
1 1,6 16 PP
2 1,6 18 PP
3 2,56 22 PP
1 5,89 36 QP
3 9,65 49 QP


Je souhaiterai faire un nuage de points du poids en fonction de la taille avec des couleurs différentes pour chaque stade mais aussi relier les points d'un même individu. Voici mon code mais je ne sais pas quelle commande ajoutée pour relier mes points :

Code : Tout sélectionner

var_entre_stades = ggplot(data=donnees_merge, aes(Poids,Taille, color=Stade, shape=Stade)) +
  geom_point(size=3) +
  theme_classic() +
  theme(legend.position = "bottom")+
   labs(title="Variabilité inter-individuelle entre stades", x="Poids", y = "Taille")


Merci d'avance pour votre aide !

Marjo

[Guillaume Devailly]

Sur l'exemple, le résultat n'est pas très lisible, mais en appelant un geom_line en modifiant un peu le aes() :

Code : Tout sélectionner

library(tidyverse)
tabl <- tribble(
    ~ind, ~Poids, ~Taille, ~Stade,
    1, 0.5 , 10, "OP",
    2, 0.77, 12, "OP",
    3, 0.65, 9 , "OP",
    1, 1.6 , 16, "PP",
    2, 1.6 , 18, "PP",
    3, 2.56, 22, "PP",
    1, 5.89, 36, "QP",
    3, 9.65, 49, "QP"
)

ggplot(data=tabl, aes(Poids, Taille, color=Stade, shape=Stade)) +
    geom_point(size=3) +
    geom_line(aes(Poids, Taille, group = ind), color = "gray", linetype = "dashed")+
    theme_classic() +
    theme(legend.position = "bottom")+
    labs(title="Variabilité inter-individuelle entre stades", x="Poids", y = "Taille")

[Marjorie Cellier]

Parfait c'est ce qu'il me fallait !

Merci beaucoup :=)

[Marjorie Cellier]

Bonjour,

Je me permets de réécrire ici car dans le même ordre d'idée j'ai un nouveau problème.

Je souhaite maintenant avoir différentes couleurs pour chaque individu, donc je mets color=ind.
Ici pas de problème. Mais maintenant je souhaite, à l'aide du même jeu de données (donc les mêmes individus) contenant la colonne diamètre en plus, faire un deuxième graph pour avoir diamètre en fonction de poids et les individus de la même couleur que sur le graph précédent. Quelle commande dois-je rajouter à mon code ?

Merci d'avance

Marjo

[Mickael Canouil]

Bonjour,

la logique est strictement la même, voir la documentation et les exemples de la documentation https://ggplot2.tidyverse.org/reference ... aesthetics

Pour vos prochains messages :

• Qu'est-ce qu'un code reproductible ?
• Comment insérer des données dans un message ?
• FAQ: What's a reproducible example (`reprex`) and how do I do one?

Cordialement,

[Marjorie Cellier]

Bonjour,

Merci pour votre réponse.

Le code était dans les messages précédents (mais je mettrais mieux les données la prochaine fois :) )

Ma question portait plutôt sur une confirmation que par exemple mon individu 1 aura bien la même couleur bleue sur tous les graphs, tant que je note bien color=ind dans mon aes (mon vrai jeu de données comprenant beaucoup beaucoup plus d'individus).

Bonne soirée

[Mickael Canouil]

Le plus simple pour avoir une confirmation d'un code, surtout quand il s'agit d'un graphique est de tester le code en question.
Vous pouvez même utiliser geom_text ou geom_label pour afficher les noms des points pour vous assurer que les couleurs (ou autres éléments) sont "bons".

La partie de la documentation de mon message précédent est une partie indispensable de ggplot2 qu'il faut comprendre si vous souhaitez pouvoir faire des graphiques avec cette librairie.
Un workshop sur ggplot2 par Thomas Lin Pedersen
https://www.youtube.com/watch?v=h29g21z0a68
https://www.youtube.com/watch?v=0m4yywqNPVY

Cordialement,