Réaliser un plot d'une cca avec les labels des espèces

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Camille Fourrier
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Réaliser un plot d'une cca avec les labels des espèces

Messagepar Camille Fourrier » 17 Déc 2019, 14:01

Bonjour,
Je souhaite réaliser le plot d'une analyse canonique des correspondances (CCA).
Cette analyse est réalisée pour voir les relations entre deux jeux de données : des données d'abondances d'espèces et des données environnementales.

En lignes, les sites d'études, en colonnes, les variables

J'ai donc deux tableaux de données structurés ainsi :
1) tableau espèces

Code : Tout sélectionner

      Are_ser Art_an Atpx Ave_bar
Z11     5.0   37.5 17.5       0
Z12     5.0   37.5  5.0       0
Z13     0.0   37.5  5.0       0
Z14    17.5   37.5  5.0       0


2) tableau environnment

Code : Tout sélectionner

     A  LF  LG  SF
Z11 277 234 103 167
Z12 255 202 121 197
Z13 241 226 102 186
Z14 252 216  87 184


Contenant respectivement :
1) Espèces

Code : Tout sélectionner

df1_sp <- structure(list(Are_ser = c(5, 5, 0, 17.5), Art_an = c(37.5, 37.5,
         37.5, 37.5), Atpx = c(17.5, 5, 5, 5), Ave_bar = c(0L, 0L, 0L,
          0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 4L))


2) Environnement

Code : Tout sélectionner

df2_env <- structure(list(A = c(277L, 255L, 241L, 252L), LF = c(234L, 202L,
          226L, 216L), LG = c(103L, 121L, 102L, 87L), SF = c(167L, 197L,
          186L, 184L)), class = "data.frame", row.names = c("Z11", "Z12", "Z13", "Z14"))


J'applique à ces données le script suivant :

Code : Tout sélectionner

library(vegan)
ccamodel <- cca(sp~., phc)
plot(ccamodel, xlim=c(-1.5,2), ylim=c(-1,1.5), display=c("sp", "cn"))


Ce qui me donne un plot avec les noms d'espèce + les variables environnement.
Ce script fonctionne parfaitement, mais lorsque j'utilise mes données complètes, les noms des espèces de plantes n'apparaissent plus.
Dans mes données complètes, il y a 15 sites (donc 15 lignes) par tableau, 90 sp de plantes et 16 variables environnementales.

J'ai un peu bidouillé pour voir si il y avait une valeur seuil, et en effet, quand je mets plus de 13 sites, les noms des plantes disparaissent, et ce quel que soit le nombre de variables ou d'espèces de plantes.

Je ne comprends pas...
Y aurait-il un moyen de "forcer" les labels (=noms d'espèces de plantes) à apparaître ?

Merci d'avance
Camille

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