Je souhaite réaliser le plot d'une analyse canonique des correspondances (CCA).
Cette analyse est réalisée pour voir les relations entre deux jeux de données : des données d'abondances d'espèces et des données environnementales.
En lignes, les sites d'études, en colonnes, les variables
J'ai donc deux tableaux de données structurés ainsi :
1) tableau espèces
Code : Tout sélectionner
Are_ser Art_an Atpx Ave_bar
Z11 5.0 37.5 17.5 0
Z12 5.0 37.5 5.0 0
Z13 0.0 37.5 5.0 0
Z14 17.5 37.5 5.0 0
2) tableau environnment
Code : Tout sélectionner
A LF LG SF
Z11 277 234 103 167
Z12 255 202 121 197
Z13 241 226 102 186
Z14 252 216 87 184
Contenant respectivement :
1) Espèces
Code : Tout sélectionner
df1_sp <- structure(list(Are_ser = c(5, 5, 0, 17.5), Art_an = c(37.5, 37.5,
37.5, 37.5), Atpx = c(17.5, 5, 5, 5), Ave_bar = c(0L, 0L, 0L,
0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 4L))
2) Environnement
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df2_env <- structure(list(A = c(277L, 255L, 241L, 252L), LF = c(234L, 202L,
226L, 216L), LG = c(103L, 121L, 102L, 87L), SF = c(167L, 197L,
186L, 184L)), class = "data.frame", row.names = c("Z11", "Z12", "Z13", "Z14"))
J'applique à ces données le script suivant :
Code : Tout sélectionner
library(vegan)
ccamodel <- cca(sp~., phc)
plot(ccamodel, xlim=c(-1.5,2), ylim=c(-1,1.5), display=c("sp", "cn"))
Ce qui me donne un plot avec les noms d'espèce + les variables environnement.
Ce script fonctionne parfaitement, mais lorsque j'utilise mes données complètes, les noms des espèces de plantes n'apparaissent plus.
Dans mes données complètes, il y a 15 sites (donc 15 lignes) par tableau, 90 sp de plantes et 16 variables environnementales.
J'ai un peu bidouillé pour voir si il y avait une valeur seuil, et en effet, quand je mets plus de 13 sites, les noms des plantes disparaissent, et ce quel que soit le nombre de variables ou d'espèces de plantes.
Je ne comprends pas...
Y aurait-il un moyen de "forcer" les labels (=noms d'espèces de plantes) à apparaître ?
Merci d'avance
Camille