ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

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Ahmed Soumahoro
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ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 28 Jan 2020, 11:53

Bonjour,


j'essaie d'extraire des données au format CSV à partir d'un fichier NETCDEF,

mais j'ai des erreurs lorsque j'utilise la commande CDO, qui se charge de convertir mes données en millimètre.

Je vous envoies le script que j'ai exécuté.

rm(list=ls()) # Pour initialiser l'environnement de commande
# Chargement des libraries # Loading the library
library(ncdf) # For the ncdf library
library(RColorBrewer) # To have the good color table
library(raster)
library(fields)
library(xlsx)

# Definir le repertoire de travail
setwd("C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo")

############################################### Données historiques
cdocmd <- paste(
"cdo -O mergetime ",
"clt_day_MIROC-ESM-CHEM_historical_r1i1p1_19500101-20051231.nc",
"tmp.rcm1951-1970.nc",
sep=" ")
system(cdocmd)
############################################### Données historiques
############################################## rcm_remapbil
cdocmd<- paste(
"cdo -O remapbil,C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo/cru_w_ts3.21.1901.2012.pre.dat.nc",
"-mulc,86400 tmp.rcm1971-2005.nc",
"tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc",
sep=(" ")
system(cdocmd)

################################################ lire un raster

dd=brick("tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc")

#############################################
#############################################

# Lire une tablean Excel
tab <- read.xlsx("C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo/522_Stations_CI.xlsx",sheetIndex=1, header=T)

##############################################



Pourriez vous m'aider s'il vous plait?

Merci

Mickael Canouil
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Mickael Canouil » 28 Jan 2020, 14:57

Bonjour,

Pour commencer, la commande "rm(list=ls())", ne réalise absolument pas une "initialisation" de la session.
Elle ne fait qu'effacer les objets. Les packages R, le .Renviron, le .Rprofile, etc., sont toujours présents et chargés dans la session R.
Si vous souhaitez initialiser votre session, redémarrer R (via l'IDE si vous en utilisez une) en s'assurant de ne pas charger de .Rdata.

Votre code contient des problèmes de positionnement des parenthèses pour votre second "paste()".

En dehors de cela, il m'est impossible de vous aider plus, sans exemple reproductible.
Et la présence de commande système ("cdo") rend encore plus difficile la reproductibilité de votre code.


Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 28 Jan 2020, 15:46

Bonjour Mickael,

à vrai dire c'est la première fois que j'utilise un forum de discussion pour langue R.

Je ne suis pas encore familier avec certains termes, si vous pouvez m'indiquer comment je dois charger le code afin qu'il soit productible, cela m'aiderait plus.

Lorsque j'exécute la partie avant le CDO, tout va bien, ce n'est qu'avec le CDO, j'ai un soucis je ne sais pas ce qui dérange l'exécution.


Merci pour l'élément de réponse.

Mickael Canouil
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Mickael Canouil » 29 Jan 2020, 09:37

Mickael Canouil a écrit :Votre code contient des problèmes de positionnement des parenthèses pour votre second "paste()".


En premier lieu, corrigez le problème mis en avant dans mon message précédent.
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 29 Jan 2020, 11:56

Bonjour Mickael,

merci pour vos réponses.

Ceci étant voilà ce qui s'affiche quand je compile:

# Definir le repertoire de travail
> setwd("C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo")
>
> ############################################### Données historiques
> cdocmd <- paste()
> "cdo -O mergetime ",
Error: unexpected ',' in " "cdo -O mergetime ","
> "clt_day_MIROC-ESM-CHEM_historical_r1i1p1_19500101-20051231.nc",
Error: unexpected ',' in " "clt_day_MIROC-ESM-CHEM_historical_r1i1p1_19500101-20051231.nc","
> "tmp.rcm1951-1970.nc",
Error: unexpected ',' in " "tmp.rcm1951-1970.nc","
> sep=" ")
Error: unexpected ')' in " sep=" ")"
> system(cdocmd)
Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) :
character string expected as first argument


Merci énormément pour votre aide

Pierre-Yves Berrard
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 29 Jan 2020, 12:51

Bonjour. Il y a une parenthèse fermante en trop dans paste().
PY

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 29 Jan 2020, 13:04

Bonjour Pierre Yves,

merci, effectivement la parenthèse m’empêchait de compiler cette ligne.

Mais je suis encore confronté à d'autres erreurs lorsque je compile cette partie à la suite de la première partie:

cdocmd<- paste(
"cdo -O remapbil,C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo/cru_w_ts3.21.1901.2012.pre.dat.nc",
"-mulc,86400 tmp.rcm1971-2005.nc",
"tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc",
sep=" ")
system(cdocmd)

################################################ lire un raster

dd=brick("tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc")

Voici les erreurs que je vois s'afficher:

> system(cdocmd)
cdo remapbil: Started child process "mulc,86400 tmp.rcm1971-2005.nc (pipe1.1)".
Assertion failed: pxp->bf_offset <= offset && offset < pxp->bf_offset + (off_t) pxp->bf_extent, file posixio.c, line 325
Warning message:
running command 'cdo -O remapbil,C:/Users/hp/Desktop/Doc_R/cdo/cru_w_ts3.21.1901.2012.pre.dat.nc -mulc,86400 tmp.rcm1971-2005.nc tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc' had status 3

>
> ################################################ lire un raster
>
> dd=brick("tmp.rcm1971-2005_remapbil.nc")
Warning message:
In strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d", tz = "GMT") :
unable to identify current timezone 'T':
please set environment variable 'TZ'



Infiniment merci Pierrer Yve pour votre aide.

Pierre-Yves Berrard
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 29 Jan 2020, 13:08

Il s'agit manifestement d'une erreur liée à la commande cdo, qui n'est pas une fonction R mais une commande système.
Avez-vous essayé de l'exécuter en dehors de R ?
PY

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 29 Jan 2020, 14:11

Oui, tout à fait, c'est un fichier .exe
j'ai essayé de l'exécuter en dehors de R, mais ne s'et pas trop comment il marche parce que j'ai eu le même résultat après l'avoir exécuter en dehors.

Pierre-Yves Berrard
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 29 Jan 2020, 14:15

Donc le problème n'est pas lié à R.
PY

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 29 Jan 2020, 14:24

Merci, je constate aisément du coup vous n'avez pas une solution pour ce cas ?

Merci.

Pierre-Yves Berrard
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 29 Jan 2020, 14:35

Effectivement.
PY

Ahmed Soumahoro
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar Ahmed Soumahoro » 29 Jan 2020, 14:37

Merci énormément pierre.

mafab francoise
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Re: ERREUR DANS MES COMMANDES D'EXÉCUTION

Messagepar mafab francoise » 29 Juil 2020, 06:01

Bonjour, je relance le sujet car je suis face à un problème similaire je crois.
Je suis de retour sur R studio et en voulant télécharger le package ggplot2 pour ensuite pouvoir utiliser la fonction barplot2 je fais face à ce message erreur que je n'arrive pas à résoudre.

> install.packages("ggplot2")

Installing package into ‘D:/DOCUMENTS/R/win-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
essai de l'URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.0/ggplot2_3.3.2.zip'
Content type 'application/zip' length 4067549 bytes (3.9 MB)
downloaded 3.9 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\kiricoupepette\AppData\Local\Temp\RtmpyiWchP\downloaded_packages
> library(ggplot2)
Sys.setenv(TZ='GMT')

Warning message:
In as.POSIXlt.POSIXct(Sys.time()) :
unable to identify current timezone 'H':
please set environment variable 'TZ'

En faisant des recherches j'ai compris que je devais "set environment variable manually" mais je n'arrive pas j'ai toujours le même message d'erreur.
Merci d'avance pour celui qui pourra m'aider.

Marine


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