J'espère que je pose cette question au bon endroit.
J'ai réalisé une expérience vivant à mesurer des taux de filtration (CR) chez deux espèces de bivalves (Species) exposés à 4 températures (Temp.fac). L'expérience a été faite de jour puis de nuit (Light) avec les mêmes individus (Ind). Voici mon jeu de données:
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#Donnees
Low.food
Ind Species Temp Light Food CR Temp.fac
1 1 Corbicula fluminea 10 Dark Low 135.043571 10
2 2 Corbicula fluminea 10 Dark Low 111.303527 10
3 3 Corbicula fluminea 10 Dark Low 116.679320 10
4 4 Corbicula fluminea 10 Dark Low 68.308738 10
5 5 Corbicula fluminea 10 Dark Low 138.679111 10
6 6 Corbicula fluminea 10 Dark Low 0.000000 10
7 7 Corbicula fluminea 10 Dark Low 67.668204 10
8 8 Corbicula fluminea 10 Dark Low 179.693177 10
9 9 Lampsilis ovata 10 Dark Low 0.000000 10
10 10 Lampsilis ovata 10 Dark Low 286.276747 10
11 11 Lampsilis ovata 10 Dark Low 396.544756 10
12 12 Lampsilis ovata 10 Dark Low 283.516987 10
13 13 Lampsilis ovata 10 Dark Low 187.449443 10
14 14 Lampsilis ovata 10 Dark Low 298.805863 10
15 15 Lampsilis ovata 10 Dark Low 227.563088 10
16 16 Lampsilis ovata 10 Dark Low 273.046142 10
17 1 Corbicula fluminea 10 Light Low 92.394119 10
18 2 Corbicula fluminea 10 Light Low 149.005839 10
19 3 Corbicula fluminea 10 Light Low 137.511994 10
20 4 Corbicula fluminea 10 Light Low 204.061669 10
21 5 Corbicula fluminea 10 Light Low 176.288980 10
22 6 Corbicula fluminea 10 Light Low 0.000000 10
23 7 Corbicula fluminea 10 Light Low 187.049779 10
24 8 Corbicula fluminea 10 Light Low 160.345553 10
25 9 Lampsilis ovata 10 Light Low 600.612438 10
26 10 Lampsilis ovata 10 Light Low 440.099819 10
27 11 Lampsilis ovata 10 Light Low 585.026912 10
28 12 Lampsilis ovata 10 Light Low 244.044045 10
29 13 Lampsilis ovata 10 Light Low 138.380733 10
30 14 Lampsilis ovata 10 Light Low 219.377102 10
31 15 Lampsilis ovata 10 Light Low 329.905918 10
32 16 Lampsilis ovata 10 Light Low 293.373147 10
33 17 Corbicula fluminea 15 Dark Low 114.509869 15
34 18 Corbicula fluminea 15 Dark Low 402.491366 15
35 19 Corbicula fluminea 15 Dark Low 292.216070 15
36 20 Corbicula fluminea 15 Dark Low 314.940211 15
37 21 Corbicula fluminea 15 Dark Low 185.898722 15
38 22 Corbicula fluminea 15 Dark Low 249.669653 15
39 23 Corbicula fluminea 15 Dark Low 289.074040 15
40 24 Corbicula fluminea 15 Dark Low 196.649432 15
41 25 Lampsilis ovata 15 Dark Low 529.086973 15
42 26 Lampsilis ovata 15 Dark Low 510.443884 15
43 27 Lampsilis ovata 15 Dark Low 485.561259 15
44 28 Lampsilis ovata 15 Dark Low 366.379617 15
45 29 Lampsilis ovata 15 Dark Low 341.180901 15
46 30 Lampsilis ovata 15 Dark Low 136.057439 15
47 31 Lampsilis ovata 15 Dark Low 512.408129 15
48 32 Lampsilis ovata 15 Dark Low 539.481506 15
49 17 Corbicula fluminea 15 Light Low 173.690441 15
50 18 Corbicula fluminea 15 Light Low 471.642796 15
51 19 Corbicula fluminea 15 Light Low 296.069814 15
52 20 Corbicula fluminea 15 Light Low 203.449867 15
53 21 Corbicula fluminea 15 Light Low 284.374648 15
54 22 Corbicula fluminea 15 Light Low 397.414331 15
55 23 Corbicula fluminea 15 Light Low 392.281365 15
56 24 Corbicula fluminea 15 Light Low 397.850595 15
57 25 Lampsilis ovata 15 Light Low 533.486837 15
58 26 Lampsilis ovata 15 Light Low 254.825460 15
59 27 Lampsilis ovata 15 Light Low 347.021381 15
60 28 Lampsilis ovata 15 Light Low 159.976292 15
61 29 Lampsilis ovata 15 Light Low 501.051113 15
62 30 Lampsilis ovata 15 Light Low 244.325450 15
63 31 Lampsilis ovata 15 Light Low 485.552469 15
64 32 Lampsilis ovata 15 Light Low 619.189683 15
65 33 Corbicula fluminea 20 Dark Low 387.453425 20
66 34 Corbicula fluminea 20 Dark Low 272.111521 20
67 35 Corbicula fluminea 20 Dark Low 323.985097 20
68 36 Corbicula fluminea 20 Dark Low 341.526070 20
69 37 Corbicula fluminea 20 Dark Low 8.997132 20
70 38 Corbicula fluminea 20 Dark Low 0.000000 20
71 39 Corbicula fluminea 20 Dark Low 1.047647 20
72 40 Corbicula fluminea 20 Dark Low 372.163828 20
73 41 Lampsilis ovata 20 Dark Low 104.174991 20
74 42 Lampsilis ovata 20 Dark Low 662.638202 20
75 43 Lampsilis ovata 20 Dark Low 732.252415 20
76 44 Lampsilis ovata 20 Dark Low 580.399036 20
77 45 Lampsilis ovata 20 Dark Low 625.958893 20
78 46 Lampsilis ovata 20 Dark Low 611.299753 20
79 47 Lampsilis ovata 20 Dark Low 459.770817 20
80 48 Lampsilis ovata 20 Dark Low 97.116105 20
81 33 Corbicula fluminea 20 Light Low 0.000000 20
82 34 Corbicula fluminea 20 Light Low 339.611807 20
83 35 Corbicula fluminea 20 Light Low 1.921766 20
84 36 Corbicula fluminea 20 Light Low 298.577415 20
85 37 Corbicula fluminea 20 Light Low 14.145785 20
86 38 Corbicula fluminea 20 Light Low 229.786798 20
87 39 Corbicula fluminea 20 Light Low 391.712153 20
88 40 Corbicula fluminea 20 Light Low 293.175052 20
89 41 Lampsilis ovata 20 Light Low 590.010156 20
90 42 Lampsilis ovata 20 Light Low 417.415762 20
91 43 Lampsilis ovata 20 Light Low 540.350738 20
92 44 Lampsilis ovata 20 Light Low 375.402525 20
93 45 Lampsilis ovata 20 Light Low 419.160798 20
94 46 Lampsilis ovata 20 Light Low 802.685452 20
95 47 Lampsilis ovata 20 Light Low 317.359457 20
96 48 Lampsilis ovata 20 Light Low 268.721333 20
97 49 Corbicula fluminea 25 Dark Low 0.000000 25
98 50 Corbicula fluminea 25 Dark Low 433.323618 25
99 51 Corbicula fluminea 25 Dark Low 14.523455 25
100 52 Corbicula fluminea 25 Dark Low 7.674266 25
101 53 Corbicula fluminea 25 Dark Low 348.018823 25
102 54 Corbicula fluminea 25 Dark Low 200.378868 25
103 55 Corbicula fluminea 25 Dark Low 0.000000 25
104 56 Corbicula fluminea 25 Dark Low 359.858384 25
105 57 Lampsilis ovata 25 Dark Low 685.211204 25
106 58 Lampsilis ovata 25 Dark Low 904.615732 25
107 59 Lampsilis ovata 25 Dark Low 689.766894 25
108 60 Lampsilis ovata 25 Dark Low 546.404265 25
109 61 Lampsilis ovata 25 Dark Low 515.068921 25
110 62 Lampsilis ovata 25 Dark Low 422.093635 25
111 63 Lampsilis ovata 25 Dark Low 587.326212 25
112 64 Lampsilis ovata 25 Dark Low 723.062643 25
113 49 Corbicula fluminea 25 Light Low 0.000000 25
114 50 Corbicula fluminea 25 Light Low 16.972120 25
115 51 Corbicula fluminea 25 Light Low 287.532691 25
116 52 Corbicula fluminea 25 Light Low 4.448288 25
117 53 Corbicula fluminea 25 Light Low 0.000000 25
118 54 Corbicula fluminea 25 Light Low 394.347294 25
119 55 Corbicula fluminea 25 Light Low 358.981115 25
120 56 Corbicula fluminea 25 Light Low 8.450351 25
121 57 Lampsilis ovata 25 Light Low 527.560585 25
122 58 Lampsilis ovata 25 Light Low 614.357973 25
123 59 Lampsilis ovata 25 Light Low 449.734513 25
124 60 Lampsilis ovata 25 Light Low 355.281813 25
125 61 Lampsilis ovata 25 Light Low 535.817361 25
126 62 Lampsilis ovata 25 Light Low 388.232641 25
127 63 Lampsilis ovata 25 Light Low 544.858733 25
128 64 Lampsilis ovata 25 Light Low 571.152458 25
Plus d'information concernant la structure du data.frame :
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# Structure du data.frame
str(Low.food)
'data.frame': 128 obs. of 7 variables:
$ Ind : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Species : Factor w/ 2 levels "Corbicula fluminea",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ...
$ Temp : int 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 ...
$ Light : Factor w/ 2 levels "Dark","Light": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Food : Factor w/ 2 levels "High","Low": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ CR : num 135 111.3 116.7 68.3 138.7 ...
$ Temp.fac: Factor w/ 4 levels "10","15","20",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
>
J'essaye de réaliser une ANOVA à 3 facteurs sur mesures répétées où CR est ma variable explicative et Species, Temp et Light sont mes variables réponses. J'ai utilisé pour ce faire la fonction anova_test() du package rstatix dont l'utilisation est aisée.
Préalablement à l'ANOVA, j'ai édité un QQ-plot pour évaluer la normalité :
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# QQ plot
library(ggpubr)
ggqqplot(Low.food, "CR", ggtheme = theme_bw()) +
facet_grid(Species + Temp.fac ~ Light, labeller = "label_both")
Comme tous les points se situent approximativement le long de la ligne de référence, la normalité semble respectée.
J'ai donc ensuite réalisé mon ANOVA :
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# ANOVA sur mesures repetees
library(rstatix)
res.aov <- anova_test(data = Low.food, dv = CR, wid = Ind,
within = c(Species, Temp.fac, Light))
J'obtiens l'erreur suivante :
Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) :
0 (non-NA) cases
Mon jeu de données contient des valeurs égales à 0 (certains individus n'ont pas filtrés donc le CR égal à 0). J'ai essayé de refaire la même analyse après avoir remplacé les 0 par des 100 juste pour voir si l'erreur était due à la présence de 0 dans mes données mais j'ai obtenu le même message d'erreur.
Quelqu'un aurait une idée d'où peut venir cette 'erreur ?
Merci par avance de votre aide.
Bien à vous,
Simon