Graphiques Trellis

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Renaud Lancelot
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Graphiques Trellis

Messagepar Renaud Lancelot » 16 Mai 2007, 06:41

Les graphiques Trellis ont été conceptualisés et décrits par William Cleveland (laboratoires Bells) dans deux livres:

Cleveland, W.S., 1994. The elements of graphing data. Hobart Press, Summit, New Jersey, 297 p.

Cleveland, W.S., 1993. Visualizing data. Hobart Press, Summit, New Jersey, 360 p.

Beaucoup d'idées développées dans ces ouvrages sont présentées dans un article paru dans Science, et disponible sur l'Internet (doi:10.1126/science.229.4716.828):

Cleveland, W.S. & McGill, R. 1985. Graphical perception and graphical methods for analyzing scientific data. Science, 229: 828-833.

D'autre part, les bases scientifiques des treillis de graphes et leur mise en oeuvre sont détaillées dans:

Becker, R.A., Cleveland, W.S. & Shyu, M.-J. 1996. The visual design and control of trellis display. Journal of Computational and Graphical Statistics, 5: 123-155., disponible ici. J'ai placé une version pdf de ce document ici.

Historiquement, ces méthodes ont été développées et rassemblées dans le package trellis pour S-Plus. Les méthodes, le code des figures de l'ouvrage "Visualizing data" ainsi que les jeux de données sont disponibles à l'URL http://cm.bell-labs.com/cm/ms/departments/sia/project/trellis/wwww.html où l'on trouve également une documentation abondante.

La documentation initiale du package trellis est également disponible ici.

Toutes les fonctions du package trellis ont été complètement ré-écrites, tout en conservant la même syntaxe (enrichie) pour R dans le package lattice développé par Deepayan Sarkar. Le package lattice dispose de sa propre page web sur R-forge: http://lattice.r-forge.r-project.org/, où l'on trouve des documents synthétiques mais précis sur la package.

Ce package repose lui-même sur le package grid de Paul Murrell dans lequel est développé un modèle graphique complètement différent de celui utilisé dans les graphiques "traditionnels" de R. Ces deux modèles sont décrits de manière très didactique, avec beaucoup d'exemples, dans l'excellent ouvrage:

Murrell, P., 2005. R graphics. Chapman & Hall / CRC, London, 301 p.

Le package lattice y est présenté, ainsi que différentes façons d'annoter et de combiner des graphes issus des deux modèles. Plusieurs chapitres de ce livre sont disponibles en ligne:

* chapitre 1: introduction

* Chapitre 4: graphes trellis du package lattice

* chapitre 5: modèle graphique du package grid

De nombreux packages ont développé des fonctions étendant les capacités du package lattice. On peut citer en particulier
1) le package latticeExtra, qui dispose également de sa page sur R-forge: http://latticeextra.r-forge.r-project.org/
2) le package sp, où l'on trouve la fonction spplot permettant de faire des cartes de données spatiales de type raster, vecteur ou point.

Deepayan Sarkar, auteur du package lattice, a publié en mars 2008 un livre sur l'utilisation de ce package:

Lattice. Multivariate Data Visualization with R. (chez Springer).

Les figures, et le code ayant servi à les générer, sont visibles ici. Merci à François Romain qui a fourni cette information.

Renaud

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