conserver ses packages lors d'un changement de version de R

R et systèmes d'exploitation, configuration de R, gestion de la mémoire, construction des packages, interfaces entre R et d'autres logiciels, éditeurs pour R

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Tillard
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conserver ses packages lors d'un changement de version de R

Messagepar Tillard » 20 Avr 2005, 06:07

lu sur la R-Help list
A very handy new feature of 2.1.0 is that

Code : Tout sélectionner

update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)

will re-install all your packages with current versions built under 2.1.0. This works for both Unix-alikes and Windows (and for MacOS in due course).

j'ai essayé lors de la dernière mise a jour de R (2.01 vers 2.10) mais ca n'a pas marché; je pense que c'est du a une mauvaise configuration de l'organisation des packages. J'avoue ne pas avoir eu le temps de lire la doc de la mise a jour.

Quelqu'un sait-il comment organiser les packages pour les conserver lors des changements de versions de R (et n'avoir au minimum qu'une mise a jour automatique globale a faire via CRAN) ?

Merci d'avance
Emmanuel Tillard
UMR ERRC (Elevage des Ruminants en Regions Chaudes)
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tel: 02 62 49 92 54

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 21 Avr 2005, 12:13

Salut Manu,

Pour conserver les packages supplémentaires d'une version de R à l'autre, il faut les installer dans un répertoire indépendant du répertoire "library" de l'installation de R (ou installer R toujours dans le même répertoire, i.e. changer les valeurs par défaut de l'installation). Par exemple, en ce qui me concerne, je les installe dans un répertoire C:\Rlibs.

L'installation dans ce répertoire C:\Rlibs des packages supplémentaires, tel que l'excellent package glimtool ;-), est contrôlé par la variable d'environnement R_LIBS. Pour reprendre l'exemple, sous WinXP, aller dans "Paramètres", puis "Panneau de configuration", puis "Système", puis cliquer sur l'onglet "Avancé", puis cliquer sur le bouton "Variables d'environnement", et ajouter alors une variable utilisateur nommée R_LIBS et prenant comme valeur C:\Rlibs.

Tout ça est décrit, avec copies d'écran à l'appui, dans l'extraordinaire fiche de création de package, disponible sur le site ftp de GuR (il faudrait d'ailleurs que je la mette à jour avec la sortie de R 2.1.0).

Pour plus de détails, voir le manuel "R Installation and Administration" qui vient avec R (version HTML et/ou pdf). Un gros effort de mise à jour et d'amélioration de ce manuel a été fait avec la dernière version de R. Le point dont nous dscutons est présenté à divers endroits du chapitre 5 (Add-on packages).

Amicalement,

Renaud
Amicalement,

Renaud

Philippe Grosjean
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Messagepar Philippe Grosjean » 02 Mai 2006, 12:09

Attnetion aux compatibilités entre versions si vous partagez une bibliothèque commune de packages R. Deux problèmes possibles:

1) Mise à jour vers une version de R dont le format des packages a changé (scrutez le fichier 'News' de la nouvelle version). C'est le cas, par exemple, entre la 1.9.1 et la 2.0.0.

2) Mise à jour des packages communs dans la version la plus récente de R, vers des versions de packages qui sont incompatibles avec les R plus anciens. Si la dernière version d'un package R dans CRAN indique:

Depends: R (>= 2.3.0)

Il ne sera pas mis à jour sous R 2.2.1, mais le sera dans votre toute nouvelle installation 2.3.0 (menu Package -> Update packages...). Par contre, il deviendra alors incompatible avec votre version précédente!

Donc, il vaut tout de même mieux tout réinstaller à chaque fois (si on en a le temps).

Philippe Grosjean

Diby Konan
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Enregistré le : 23 Sep 2010, 17:48

Re: conserver ses packages lors d'un changement de version de R

Messagepar Diby Konan » 22 Juil 2017, 11:08

Bonjour à Tous,
Afin de conserver ses packages lors d'un changement de version de R, il est important de définir un répertoire UNIQUE.
Avec les explications ci-dessus, il est vraiment aisé de le faire pour le Système d'exploitation Windows.
Mais là, je viens de changer de Système.
Quelqu'un pourrait m'aider à modifier le répertoire Library (de Package) par défaut de R (ou RStudio) sous Mac OS X?
Sous Mac OS X, c'est la galère Shocked Evil or Very Mad !!

Bien cordialement


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