installation de packages a partir des codes source

R et systèmes d'exploitation, configuration de R, gestion de la mémoire, construction des packages, interfaces entre R et d'autres logiciels, éditeurs pour R

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Tillard
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installation de packages a partir des codes source

Messagepar Tillard » 24 Jan 2006, 17:35

Bonjour
je rencontre des problemes a l'installation de packages a partir des codes sources
j'ai installé l'ensemble des outils décrits dans la doc (enfin je pense)
voici les commandes entrées dans une fenetre de commande
(je souhaite installer le package A2R_0.0-4.tar.gz disponible sur
http://addictedtor.free.fr/graphiques/R ... p?graph=79

Code : Tout sélectionner

C:\>cd R

C:\R>cd RLibs

C:\R\RLibs>tar xzvf A2R_0.0-4.tar.gz
A2R/
A2R/data/
A2R/data/fret.R
A2R/INDEX
A2R/R/
A2R/R/arimaSelect.R
A2R/R/spieChart.R
A2R/R/code.R
A2R/ChangeLog
A2R/man/
A2R/man/fret.Rd
A2R/man/arimaSelect.Rd
A2R/man/A2Rplot.hclust.Rd
A2R/man/cutree.order.Rd
A2R/man/A2Rplot.Rd
A2R/man/spieChart.Rd
A2R/DESCRIPTION
A2R/CITATION

C:\R\RLibs>R CMD INSTALL A2R


---------- Making package A2R ------------
  adding build stamp to DESCRIPTION
  installing R files
  installing data files
  installing man source files
  installing indices
  not zipping data
  installing help
 >>> Building/Updating help pages for package 'A2R'
     Formats: text html latex example chm
  A2Rplot                           text    html    latex           chm
  A2Rplot.hclust                    text    html    latex   example chm
  arimaSelect                       text    html    latex   example chm
  cutree.order                      text    html    latex   example chm
  fret                              text    html    latex   example chm
  spieChart                         text    html    latex   example chm
Microsoft HTML Help Compiler 4.74.8702

Compiling c:\R\RLibs\A2R\chm\A2R.chm


Compile time: 0 minutes, 1 second
7       Topics
17      Local links
4       Internet links
1       Graphic


Created c:\R\RLibs\A2R\chm\A2R.chm, 23,057 bytes
Compression decreased file by 804 bytes.
  adding MD5 sums

* DONE (A2R)

C:\R\RLibs>


apparemment tout se passe bien
mais le repertoire A2R dans RLibs semble incomplet :

Code : Tout sélectionner

/chm
/data
/man
/R
Changelog
CITATION
DESCRIPTION
INDEX


de plus, l'ouverture du package dans R donne

Code : Tout sélectionner

> library(A2R)
Erreur dans library(A2R) : 'A2R' n'est pas un package valide -- a-t-il été installé < 2.0.0 ?


J'obtiens le meme probleme avec d'autres codes sources: c'est donc bien un probleme lié a l'installation
Quelqu'un aurait-il une idée ?
Emmanuel
Emmanuel Tillard
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CIRAD - St PIERRE (La Réunion)
tel: 02 62 49 92 54

Tillard
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RE: installation de packages a partir des codes sources

Messagepar Tillard » 24 Jan 2006, 17:45

je crois avoir trouve la reponse (desolé pour ce post à vide)
j'espere que ca pourra qd meme servir a d'autres

ca marche si on applique directement dans la library de destination la commande R CMD INSTALL sur le fichier zippé A2R_0.0-4.tar.gz
L'ouverture du package sous R est alors OK

un truc que je n'avais pas pigé au départ

Emmanuel
[/code]
Emmanuel Tillard

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Romain François
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Messagepar Romain François » 24 Jan 2006, 19:56

Bonsoir,

Une solution quand le package source ne contient que du code R (pas de C ou de fortran), consiste à décompresser le package et le zipper avec winzip, puis sous windoz, utiliser "Install From local Zip File" ou quelque chose comme ça.


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