figure R et TeXdraw

Questions sur les fonctions graphiques de R

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Nicolas Picard
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figure R et TeXdraw

Messagepar Nicolas Picard » 12 Aoû 2005, 09:16

Bonjour,
savez-vous s'il existe un moyen (package R, package LaTeX ou script ad hoc) d'exporter des figures de R au format TeXdraw ?
Merci d'avance

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 17 Aoû 2005, 12:39

Bonjour Nicolas,

Je ne connais pas TeXdraw, mais une brève recherche via Google me fournit le descriptif suivant:

Summary: TeXdraw - produce PostScript drawings from within TeX

Version: (920707)

Description:

The TeXdraw package consists of a set of macro definitions for the TeX
typesetting program. These macros allow the user to produce PostScript
drawings from within TeX.

The main benefits of TeXdraw accrue from the ability to produce drawings
from <within> TeX, using TeX fonts for labeling the drawing.

TeXdraw interfaces with the dvips (dvi to PostScript) print program.

Basic drawing features include:

(1) moves, lines and arrow vectors
- selectable gray level, line width pattern, arrowhead size and type

(2) circles, ellipses, arcs, and Bezier curves

(3) general fill command to fill a region defined by lines and Bezier
curves (selectable gray level)

(4) TeX text, including mathematics, can be positioned and superimposed
on the drawing

TeXdraw has been designed to be extensible. Drawing "segments" are
relocatable, self-contained units. Using a combination of the begingroup/
endgroup mechanism in TeX and the gsave/grestore mechanism in PostScript,
drawing segments allow for local changes to the scaling and line
parameters. Using TeX's macro definition capability, new drawing commands
can be constructed from drawing segments.


Je ne vois pas bien, si j'ai tout compris, l'intérêt d'un package R pour faire du TeXdraw:

* tu peux produire des fichiers ps ou eps à partir de R (fonction postscript), et il existe plusieurs possibilités pour annoter les fichiers, notamment toutes les fonctions décrites dans ?plotmath.

* le packages grid (ayant servi à construire lattice) permet une gestion très fine des objets graphiques: voir les articles de Paul Murrell dans R-news.

A titre d'exemple, j'ai mis sur le serveur ftp une figure produite à l'aide de xyplot (lattice) et annotée (segments et texte):

ftp://ftp.cirad.fr/pub/group-r/groupe-r/Documents/tsetse.emf

Je peux mettre le code et les données sur le site GuR si il y a des amateurs (données originales de Jérémy Bouyer, CIRAD-EMVT / CIRDES).

Amicalement,

Renaud

Nicolas Picard
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figure R et TexDraw

Messagepar Nicolas Picard » 08 Sep 2005, 09:06

Merci pour ta réponse, Renaud (et la jolie figure)

TexDraw est en effet un package LaTeX pour faire des figures. Les commandes disponibles sont assez sommaires : tracer une ligne, un point, afficher du texte... avec toutefois la possibilité de définir ses propres macros (et donc d'étendre le jeu de commandes à des commandes un peu plus évoluées).

J'aurais dû préciser pourquoi je m'intéresse à TexDraw (parce que je ne suis peut-être pas seul dans cette situation) : parfois il est nécessaire de faire des diagrammes ou des schémas simples pour expliquer un calcul, et il est alors plus clair d'utiliser exactement la même police de symboles mathématiques dans le texte et dans le schéma. Ceci n'est pas possible avec R et LaTeX, malgré plotmath (mais ok, ceci n'intéresse que ceux qui utilisent LaTeX comme traitement de texte). TexDraw permet de faire ces schémas en étant intégré dans LaTeX, donc avec les mêmes polices. Je pourrais donner un exemple si je savais comment intégrer une figure dans cette réponse.

Comme TexDraw est un peu galère d'utilisation, et que c'est beaucoup plus simple dans R de dessiner un schéma, je me demandais donc s'il existait une interface entre les deux... (au cas où, c'est sûr qu'on peut s'en sortir autrement).

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 08 Sep 2005, 10:03

Bonjour Nicolas,

Il y a aussi la possibilité d'utiliser le device pictex (au lieu de postscript, par exemple), disponible dans la distribution standard de R. Voir ?pictex et les exemples d'utilisation. Apparemment, cela pourrait convenir au cas que tu décris (utilisation des mêmes polices, etc.). Cela dit, je n'ai pas testé.

Amicalement,

Renaud

Tillard
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Messagepar Tillard » 08 Sep 2005, 12:21

Salut Renaud

Renaud Lancelot a écrit :Bonjour Nicolas,

Il y a aussi la possibilité d'utiliser le device pictex (au lieu de postscript, par exemple), disponible dans la distribution standard de R. Voir ?pictex et les exemples d'utilisation. Apparemment, cela pourrait convenir au cas que tu décris (utilisation des mêmes polices, etc.). Cela dit, je n'ai pas testé.

Amicalement,

Renaud


une question qui sort du cadre de cet échange, mais qui pourrait intéresser pas mal de monde:
depuis toujours, j'integre les graphes générés avec R dans Microsoft Word via un copier-coller au format vectoriel(.wmf). Je ne les retouche plus sous Word.
Dans R, on peut neanmoins sauvegarder des graphes sous de multiples formats. Quelle la solution la plus satisfaisante si l'on souhaite garder la meme precision (la meme finesse des traits, les memes rendus de gris) une fois copier sous Word , pour les figures des publications par exemple?

J'admet ne pas avoir eu encore le temps de rechercher des docs la dessus (qui doivent certainement exister): quelqu'un aurait-il des references la dessus (sur internet).

pour info: un nouveau bouquin sur les graphiques dans R est sorti ou devrait bientot sortir
voir http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RG ... phics.html

le sommaire semble interessant

amicalement
Emmanuel Tillard
UMR ERRC (Elevage des Ruminants en Regions Chaudes)
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tel: 02 62 49 92 54

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 09 Sep 2005, 06:57

Sous Word / Windows, le format wmf me semble un des plus satisfaisant. Je génére les graphes avec la fonction win.metafile qui permet de fixer la dimension du graphique et la taille de la police de base.

Les devices jpeg et png donnent également de bons résultats, en fonction de la nature du graphique, et sont de taille souvent plus faible.

Le device postcript permet les réglages les plus fins et les meilleurs rendus, mais ne peut pas être affiché sous Word à ma connaissance. Idem pour le device pdf.

Amicalement,

Renaud

Tillard
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annotation diffrente dans chaque panel

Messagepar Tillard » 09 Sep 2005, 09:27

Salut Renaud
merci pour ta reponse, je ne connaissais pas la fonction win.metafile.

["Renaud Lancelot"]Sous Word / Windows, le format wmf me semble un des plus satisfaisant. Je génére les graphes avec la fonction win.metafile qui permet de fixer la dimension du graphique et la taille de la police de base.

Les devices jpeg et png donnent également de bons résultats, en fonction de la nature du graphique, et sont de taille souvent plus faible.

Le device postcript permet les réglages les plus fins et les meilleurs rendus, mais ne peut pas être affiché sous Word à ma connaissance. Idem pour le device pdf.

Amicalement,

Renaud[/quote]

je suis intéressé par le code de ta figure de ton précédent message: c'est juste pour voir comment tu places une annotation incluant un calcul specifique a chaque panel (avec approx je suppose)
amicalement
Emmanuel Tillard

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Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 09 Sep 2005, 09:38

Voici le code:

Code : Tout sélectionner

library(aod)
library(lattice)
trellis.device(theme = "col.whitebg")
xyplot(fit ~ Time | Treatment * Site, data = fit, subscripts = TRUE,
    xlim = c(-1, 30), ylim = c(0, 1), layout = c(3, 2), aspect = 1,
    between = list(x = 1/2, y = 1/2),
    xlab = "Time (days)",
    ylab = "Predicted proportion of knocked-down flies",
    scales = list(y = list(at = seq(0, 1, .25), labels = format(seq(0, 1, .25)))),
    panel = function(x, y, subscripts){
      panel.grid(col = "grey")
      panel.xyplot(x, invlink(y, "logit"), type = "l")
      llines(x, invlink(y - 1.96 * fit$se.fit[subscripts], "logit"), lty = 2)
      llines(x, invlink(y + 1.96 * fit$se.fit[subscripts], "logit"), lty = 2)
      t50 <- unique(fit$T50[subscripts])
      lsegments(-1, .5, t50, .5, col = "red")
      lsegments(t50, .5, t50, 0, col = "red")
      ltext(22, .9, substitute(paste(T["50%"], " = ", xt, " days"), list(xt = format(round(t50, 1), nsmall = 1))),
          col = if(t50 > 0) "black" else "red")
      })


La principale difficulté est de générer le jeu de données permettant de faire le graphe, mais c'est hors sujet ici. Voici donc le jeu de données tout prêt à l'emploi:

Code : Tout sélectionner

fit <-
structure(list(Time = as.integer(c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,
9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24,
25, 26, 27, 28, 29, 30, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11,
12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27,
28, 29, 30, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,
15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30,
0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 0, 1, 2,
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19,
20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 0, 1, 2, 3, 4, 5,
6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22,
23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30)), Treatment = structure(as.integer(c(1,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2,
2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3)), .Label = c("Full spray with rinsing",
"Foot bath without rinsing", "Foot bath with rinsing"), class = "factor"),
    Site = structure(as.integer(c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
    2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
    2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
    2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
    2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,
    2, 2, 2, 2, 2, 2)), .Label = c("Direct", "Indirect"), class = "factor"),
    T50 = c(16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772, 16.2126703993772,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625,
    26.4279849847625, 26.4279849847625, 26.4279849847625, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895, 2.86476721745895,
    2.86476721745895, 2.86476721745895, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176, 9.1900691686176,
    9.1900691686176, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, 0.0646704549961077,
    0.0646704549961077, 0.0646704549961077, -5.3842784698844,
    -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844,
    -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844,
    -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844, -5.3842784698844,
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"104", "105", "106", "107", "108", "109", "110", "111", "112",
"113", "114", "115", "116", "117", "118", "119", "120", "121",
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"140", "141", "142", "143", "144", "145", "146", "147", "148",
"149", "150", "151", "152", "153", "154", "155", "156", "157",
"158", "159", "160", "161", "162", "163", "164", "165", "166",
"167", "168", "169", "170", "171", "172", "173", "174", "175",
"176", "177", "178", "179", "180", "181", "182", "183", "184",
"185", "186"), class = "data.frame")


Amicalement,

Renaud

Tillard
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Enregistré le : 17 Déc 2004, 10:32

trellis ...

Messagepar Tillard » 09 Sep 2005, 12:26

ok renaud
j'ai bien compris que tu as incorporé les labels ds annotations dans le data set de base. je pensai que tu avais incorporé un calcul dans la fonction panel avec approx du genre (x = y (predictive probabilities), y = x(time), xout=0.5), mais je pense qu'il y a plusieurs facon de faire cela.
merci en tout cas: je decouvre des trucs nouveaux dans les fonctions trellis quasiment tous les jours !!! et c'est loin d'etre fini, vu les questions sur le forum et les recentes mises a jours. Rien que la dessus il y aurait de quoi organiser un seminaire de 2-3 jours.

au fait: comment a t-on acces sur CRAN a la liste des mises a jour des contributed packages a chaque fois qu'une mise a jour sort ?
amicalement
Emmanuel Tillard

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CIRAD - St PIERRE (La Réunion)

tel: 02 62 49 92 54

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 09 Sep 2005, 14:08

Salut Manu,

Oui, tu peux aussi utiliser approx, mais tu n'as qu'une solution approchée (largement suffisante en pratique dans ce cas). J'ai calculé les T50 en utilisant l'équation de régression (et leur IC par des simulation de Monte Carlo à partir de cette équation et de la matrice de var-cov des coefficients). Je peux t'envoyer le tout dans un mail séparé si ça t'intéresse.

Initialement, j'avais fait ts les calculs dans la fonction panel, mais ça alourdissait cette fonction et la rendait difficile à corriger ==> j'ai préféré faire le jeu de données "fit" à part pour alléger au max la fonction.

Pour le CRAN, tu as la liste complète des packages (version binaire, source et documentation de référence) dans CRAN (http://cran.r-project.org/), section "Software", option "Packages". Tout en bas de la liste des packages, tu as (entre autres) un lien vers un répertoire "Archives" avec les anciennes versions de ces packages.

De plus, certains auteurs fournissent un fichier avec tous les changements intervenus d'une version à l'autre. Par exemple, pour le package aod, tu as accès à ce fichier (CHANGES) en ouvrant l'index de l'aide HTML et en cliquant sur le lien "directory".

Amitiés,

Renaud

Nicolas Picard
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Enregistré le : 01 Fév 2005, 16:30

Messagepar Nicolas Picard » 15 Sep 2005, 14:45

Bonjour Renaud,

le device pictex a l'air d'être exactement ce qu'il me fallait ! J'en apprends moi aussi tous les jours...

Merci !


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