Packages R pour la Science du Sol

[Julien MOEYS]

Bonjour,

Ca bouge un peu du côté des applications de R en Science du Sol,

j'en profite pour faire un point sur divers packages R qui peuvent intéresser les personnes travaillant en science du sol (ou pédométrique):

# J'ai récemment passé sur CRAN le package R "soiltexture", déjà évoqué sur ce forum, qui permet de créer des graphiques de triangles des textures, et de déterminer la classe de texture de données argiles-limon-sable. Onze classifications (triangles) sont disponibles (dont les triangles de l'Aisne et du GEPPA utilisés en France).

Ce package améliore (beaucoup) les fonctions existantes du package plotrix (soil.texture et uk.soil.texture).

# Le package "aqp" (Algorithms for Quantitative Pedology), de Dylan Beaudette, est aussi disponible sur CRAN. "A collection of algorithms related to modeling of soil resources, soil classification, soil profile aggregation, and visualization".

# J'ai récemment créé un projet pour deux packages R implémentant des fonctions rétention en eau et de conductivité hydraulique du sol ("soilwaterfun": Mualem-van Genuchten, Brooks & Corey, Campbell), ainsi que quelques fonctions de pédotransfer pour les paramétrer ("soilwaterptf": Vösten et al. 1999, PTFs pour les fonctions de Mualem-van Genuchten). Les packages sont disponibles ici: http://soilwater.r-forge.r-project.org/.Si vous avez dans vos tiroirs quelques bouts de code R (ou fortran) implémentant d'autres fonctions ou PTFs qui pourraient être utiles à la communauté, n'hésitez pas à me les envoyer pour que je les intègre (ou à participer au projet).

# soil.spec. "Soil spectral data exploration and regression functions".

# HydroMe. "Estimation of Soil Hydraulic Parameters from Experimental Data".

# Certains package développés pour l'hydrologie pourront aussi intéressés les physiciens du sol. Le wiki R propose une "task view" pour l'hydrologie.

# Les géostatisticiens trouverons dans le bouquin de Tomislav Hengl "A Practical Guide to Geostatistical Mapping" pas mal d'exemples R.

Voilà!

Si vous connaissez d'autres ressources R utiles en science du sol, n'hésitez pas à en faire part sur le forum.

Julien
http://julienmoeys.free.fr
PS: Je ne sais pas si c'est le bon endroit pour poster un tel message sur le forum, peut être serait-il mieux dans la rubrique "packages" ou "annonces"

[Renaud Lancelot]

Merci Julien. Je copie dans la section packages.

[Clement Corentin]

Bonjour,

je cherche a utiliser le package soilwater afin d'obtenir les courbes de rétention en eau du sol étudié.

swc( theta_sat <- c(0.546),
theta_res <- c(0.41),
alpha <- c(0.0132),
n <- c(1.501),
m <- 1-1/n)
je ne comprend pas comment on obtiens la courbe de rétention d'un sol, je pense pourtant avoir toutes variables requises. Lorsque j'applique cette fonction R me renvoie qu'une valeur de potentiel matriciel.

Dois-je lui fournir la gamme de potentiel a appliquer la formule (via psi<-1:200)

En quelle unité doit être exprime psi? Lorsque je fais psi<-1:200 R me renvoi 200 fois la même valeurs qui je pense est aberrante.

Il y a assez peu de documentation sur ce package.
A l'attente d'une éventuelle aide,

Merci d'avance,

Corentin

ps: je ne sais pas si je pose m'a question au bon endroit désolé