Fichiers image

R et systèmes d'exploitation, configuration de R, gestion de la mémoire, construction des packages, interfaces entre R et d'autres logiciels, éditeurs pour R

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Jacques VESLOT
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Fichiers image

Messagepar Jacques VESLOT » 30 Déc 2005, 06:30

Bonjour,

Ce n'est pas un problème fondamental, mais ayant installé R-2.2.1 dans C:\R et non C:\Program Files\R, mes fichiers image (.RData) créés précédemment ne sont plus associés avec RGui et je n'arrive pas à faire en sorte qu'ils le soient, quand bien même je les charge et ré-enregistre depuis RGui de R-2.2.1. Comme j'ai l'habitude d'avoir plusieurs de ces fichiers sur mon bureau que je peux ouvrir directement, je souhaiterais avoir si la solution consiste à replacer R dans Program Files.

Une autre petite question... J'ai utilisé le manuel de Renaud et Manu pour réaliser un package. Et cela marche parfaitement, en suivant leurs instructions. Je me demandais juste pourquoi il y avait autant de différences entre les docs à ce sujet - eg. "Making R Packages under Windows" de P. Rossi ou encore "Creating R Packages (the idiot's guide)...".

Très bonne année à tous,

Jacques Veslot

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 03 Jan 2006, 06:36

Bonjour Jacques,

Pour les fichiers images, le pb se situe au niveau de Windows. Tu devrais pouvoir le règler en associant Rgui.exe aux fichiers ayant une extension .RData, via l'explorateur de Windows (menu "Outils", option "Options des dossiers", onglet "Types de fichiers", rechercher l'extension RData et la modifier en lui associant Rgui.exe, ou créer une nouvelle association).

Pour le manuel de création de packages, il a été écrit il y a un moment et je ne l'ai pas remis à jour depuis la sortie de R 2.0.0. Cette version a été marquée par plusieurs améliorations importantes, notamment des manuels: il est maintenant bcp + facile de créer un package en suivant les instructions "officielles". Voir en particulier le doc "Writing R packages". Je n'ai pas regardé les docs dont tu parles, mais j'imagine qu'ils ont été écrits après R 2.0.0.

Meilleures amitiés et très bonne année,

Renaud

Jacques VESLOT
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Messagepar Jacques VESLOT » 03 Jan 2006, 07:25

Merci beaucoup Renaud,

Je vais suivre tes indications (dès ce soir, car c'est sur mon pécé perso); j'avais essayé en passant par le click-droit sur le fichier .RData et en modifiant "Propriétés / Général / S'ouvre avec :", mais sans succès.

Les documents que je t'ai cités (URL ci-après) ne sont pas beaucoup plus récents (avril et juillet 2005). Je pense que votre doc est parfaite pour créer des packages simplement (Writing R Extensions reste, sinon un peu hard, disons un peu lourd pour ce faire).

http://www.maths.bris.ac.uk/~maman/comp ... kages.html
http://gsbwww.uchicago.edu/fac/peter.ro ... indows.pdf

Juste une dernière chose, il n'est pas fait mention de mingwin et hcc.exe dans votre doc. S'agit-il bien d'outils permettant de créer les fichiers CHTML ?

La seule liberté que j'ai prise, par rapport à votre doc, a été d'ajouter ces deux utilitaires (et de les inclure dans la variable PATH - à la fin) et de retirer l'options --docs="normal" dans R CMD INSTALL, mais je ne sais pas si j'ai bien fait.

Merci encore et très bonne année,

Jacques

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 03 Jan 2006, 08:10

Bonjour Jacques,

Merci pour les références: ce sera utile à bcp de monde je pense. En réponse à tes questions:

1. hcc.exe est un utilitaire de Microsoft (Microsoft HTML Help Workshop) permettant de créer des fichiers d'aide "compilés" pour Windows: au lieu d'avoir bcp de petits fichiers HTML, il n'y a plus qu'une seule archive CHM. Je n'ai pas mentionné cet utilitaire dans le doc car en fait, peu de monde utilise ce type d'aide sous R (me trompe-je ?) qui ne fonctionne bien sûr que sous Windows. On peut toutefois définir le recours à l'aide compilée à l'aide d'une option de configuration:

Code : Tout sélectionner

options(chmhelp = TRUE)


(à placer dans le fichier RProfile, par exemple).

Le fichier d'aide CHM est construit lors de la création du package, à l'aide de la commande:

Code : Tout sélectionner

R CMD INSTALL blabla...

exécutée à partir de l'invite de commande (fenêtre "DOS")

La construction des différents formats d'aide est contrôlée par l'option --docs. Pour plus de détails, voir l'aide en tapant à l'invite de commande:

Code : Tout sélectionner

R CMD INSTALL --help


L'option --docs="normal" permet de ne pas construire le fichier d'aide compilée. Si tu l'enlèves, ce fichier sera créé et tu as alors effectivement besoin de hcc.exe

2. MinGW (et non mingwin) est un ensemble d'outils GNU pour Windows. Il comporte en particulier le compilateur C dénommé gcc. Sauf erreur de ma part, MinGW n'est utile que si tu as du code C dans ton package.

Tout cela est décrit dans le document "R installation and administration" qui est le complément indispensable de "Writing R extensions".

Amicalement,

Renaud

Jacques VESLOT
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Messagepar Jacques VESLOT » 03 Jan 2006, 10:11

Merci beaucoup Renaud pour toutes ces précisions !

En effet, MinGW et hcc.exe ne me seront pas très utiles a priori... (leurs fonctions m'avaient échappé en lisant les docs pré-citées).

Pour ma part, je me suis déjà servi des aides en CHTML pour explorer des packages que je venais d'installer - il y a notamment une fonction "Rechercher" - mais ça ne me paraît pas franchement indispensable, en particulier s'agissant d'un package perso !

Dernière chose : Dans la doc, vous semblez préconiser d'ajouter les jeux de données après création du squelette (en les incluant manuellement dans le répertoire /data). Est-ce volontaire - ie. pour ne pas avoir à les documenter ? car, sinon, il est peut-être préférable de les "loader" en même temps que l'on "source" les fonctions, juste avant d'exécuter la fonction package.skeleton().

(Encore merci !)

Jacques

ps :
Un bon résumé sur la page "Technical Notes on the R Programming" :
http://www.sfu.ca/~sblay/R/index.html#docs

"Building R packages from source code under Windows XP - minimum installation:

Go to the web portal Building R for Windows.
Download and install:

* tools.zip make, sh, cat, cp, diff, echo, mkdir, mv, rm, sed
* ActivePerl-5.8.6.811-MSWin32-x86-122208.msi perl
* MinGW-3.1.0-1.exe gcc, necessary for installing R packages that include C or Fortran code
* htmlhelp.exe creates compiled html (.chm), needed to build documentation files and to run 'R CMD check'


Add R, tools, MinGW and HTML HELP to your PATH.
The subdirectories to add are something like:
...\R\rw2000\bin
...\tools\bin
...\MinGW\bin
...\HTML HELP WORKSHOP
ActiveState adds Perl\bin to your path automatically
docs says you should put tools\bin at the front of your path

To Add a directory to you PATH on Windows XP select
Control Panel -> System -> Advanced -> Environment Variables
Directories that include spaces in their name were not a problem on my
system. However, on other systems you may have to do the following:
on the Windows command prompt
cd to a directory that includes that directory and type
dir /x to find the short form of the directory name.

To install a package, type at the Windows command prompt:
R CMD INSTALL --docs=none MyPkg
if you want to install documentations, you need to
download and install htmlhelp.exe

Further reading:
Building R for Windows
(the path to your R installation) .../R/rw2000/README.packages"

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 03 Jan 2006, 12:59

Il y a des détails utiles sur les jeux de données dans le document "Writing R extensions", section "Package structure", paragraphe "Package subdirectories".

Je pense qu'il est préférable d'inclure les jeux de données après avoir créé le squelette du package, car on peut contrôler le format de stockage et minimiser la taille du package. C'est important si on a beaucoup de jeux de données, autrement c'est anecdotique.

Pour information, voici comment je procède: je fais un script R où je rassemble ttes les commandes de création de jeux de données et de leur fichier d'aide. Par exemple, pour créer le jeu de données orob1 du package aod, à partir d'un fichier texte:

Code : Tout sélectionner

## Crowder (1978), table 1
orob1 <- read.table("c:/rpack/archives/data/crowder_1978_table1.txt",
                              sep = ";", header = TRUE)
save(orob1, file = "c:/rpack/aod/data/orob1.rda", compress = TRUE)
promptData(object = orob1, filename = "c:/rpack/aod/man/orob1.Rd")


La fonction promptData est très pratique: il ne reste plus ensuite qu'à compléter la page d'aide, qui est déjà opréationnelle en l'état.

Comme tu le suggères, l'alternative est de créer le data.frame sous R puis de le placer dans la liste des objets devant être inclus dans le package avec la fct package.skeleton(), argument "list". C'est la voie la plus simple si tu as très peu de jeux de données.

Amicalement,

Renaud


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