Groupe des utilisateurs du logiciel R

Varin Thibault · Inscrit le: 08 Nov 2006 Messages: 31 Localisation: France

Bonjour, je travail actuellement sur des méthodes de clustering hiérarchiques avec un nombre d'individus importants (actuellement environ 1000).
J'utilise les fonction hclust puis plot pour générer les dendrogrammes mais je n'arrive à obtenir que des dendrogrammes illisibles.
1. Est-il possible de n'afficher par exemple que les 70 premiers niveaux (leur centroide par exemple)?
2. Est-il possible de modifier la couleur d'un sous-ensemble des individus ainsi que les branches du dendrogramme lui correspondant?
Merci d'avance!!!
Cordialement

Romain François · Posté le: Mar Déc 19, 2006 9:11 pm Sujet du message:

Les deux premiers resultats de cette recherche :
http://addictedtor.free.fr/graphiques/search.php?q=dendrogram peuvent etre un point de depart. je n'ai pas touche a ces fonctions depuis un moment, mais ca devrait etre utile.

A part ca, cutree peut etre utile pour trouver l'appartenance de chaque feuille a sa branche ...

Varin Thibault · Inscrit le: 08 Nov 2006 Messages: 31 Localisation: France

Merci pour le lien, je ne connaissais pas ce package et c'est très interessant.
On peut effectivement modifier la couleur mais uniquement par clusters. C'est à dire que si on coupe le dendrogramme au niveau 4, on aura un dendrogramme avec 4 clusters présentant chacun une couleur différente.

Ce qui m'interesse, c'est de modifier la couleur des branches d'une liste d'individus(par exemple les branches des individus 1, 180, 505 et 987) ou de certains clusters (par exemple au niveau 200, les clusters 20, 155 et 180).
Est-ce que quelqu'un sait si s'est possible?
Merci beaucoup!!!
Varin Thibault

Ayoub Maat · Inscrit le: 16 Juin 2011 Messages: 2 Localisation: France

bonjour,
je vois que vous avez ce problème 5 ans avant moi :lol:
en fait je travaille sur le clustering hiérarchique aussi et j'ai réussi à faire un dendrogramme, le problème et que le nombre totale des instances que j'utilise est 7000!! donc j'arrive pas à voir ce que se passe dedans.
si vous avez résolu votre problème ça serait gentil si vous me dites comment faire face à ça.
en fait je souhaite d'abord colorier chaque classe d'une couleur distincte, et après si possible faire des zooms pour voir comment ça marche :)

merci d'avance