J'ai fait une coinertie entre une AFC sur des données d'oiseaux et une ACP sur des variables du milieu (avec les sites pondérés par rapport à l'AFC). La coinertie fonctionne je pense puisqu'aucun message d'erreur ne s'affiche. Par contre quand je fais un randtest derrière pour voir si la coinertie est significative, voilà ce qui s'affiche :
Code : Tout sélectionner
> randtest(Coi)
Warning: non uniform weight. The results from simulations
are not valid if weights are computed from analysed data.
Monte-Carlo test
Call: randtest.coinertia(xtest = Coi)
Observation: 0.4133199
Based on 999 replicates
Simulated p-value: NA
Alternative hypothesis: greater
Std.Obs Expectation Variance
NaN NaN NA
Avez vous une idée de ce qui pose problème, c'est surement une question de pondération des lignes mais je ne vois pas pourquoi
Si besoin vous pouvez trouver sur ce lien mon script et les deux fichiers de données :https://drive.google.com/folderview?id=0B6iZYMPSBZP_WEJaaTdmalZqRms&usp=sharing
Le script fonctionne, il faut juste préciser le nombre d'axes choisis pour la coinertie (pas besoin pour l'AFC et l'ACP)
Merci beaucoup, Victor