Gene Ontology (GO)

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Patricia OBEID
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Gene Ontology (GO)

Messagepar Patricia OBEID » 06 Juin 2019, 16:48

Bonjour à tous,
J'ai une liste assez conséquente de gènes avec : leur Symbole, le GeneID et l'Accession Number.
Je souhaiterais associer à ces gènes leur n° GO ainsi que GO:biological process, GO:molecular function et GO:cellular component.
Est-il possible de faire cela avec R ?
Si oui, comment ?
Un grand merci d'avance de votre aide.
Bonne soirée !
Patricia

Serge Rapenne
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Serge Rapenne » 06 Juin 2019, 20:31

Bonjour,

Pour des non spécialistes du domaine, il est très, sinon impossible, de répondre sans plus d'information sur les données.
Regarde peut être du coté des fonction match ou merge.

Serge

Patricia OBEID
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Patricia OBEID » 07 Juin 2019, 02:31

Bonjour,
oui, tu as raison ...
mais beaucoup d'utilisateurs biologistes utilisent R pour des analyses transcriptomiques et je sais que pour ces analyses on a accès aux termes GO.
Le hic est que je n'y connais rien dans ces analyses.
Je compte donc sur un habitué des analyses de RNAseq pour me donner des pistes : quel package /librairie utiliser, comment y accéder et si possible un exemple de ligne de code ...
Merci à tous et belle journée
Patricia

Serge Rapenne
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Serge Rapenne » 07 Juin 2019, 07:30

Il me semble que c'est justement la spécialité des packages de bio-conductor cf : https://www.bioconductor.org/help/

dans https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/ il ya plusieur packages qui font référence à GO mais je suis incapable de donner un avis sur leur pertinence dans ton cas.

Une recherche très rapide sur la description des packages a fait ressortir le package GOexpress mais SGDS

Serge

Patricia OBEID
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Patricia OBEID » 07 Juin 2019, 08:43

Merci Serge
je vais regarder.
Bonne journée

Mickael Canouil
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Mickael Canouil » 07 Juin 2019, 10:16

Bonjour,

le package RDAVIDWebService utilse le service en ligne DAVID pour annoter et effectuer quelques analyses "classiques" sur les données de transcriptomique et plus généralement -omique.

Si votre application concerne principalement le RNAseq, je vous suggère de regarder le site internet : https://www.rna-seqblog.com/

Cordialement,
Mickaël

Patricia OBEID
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Re: Gene Ontology (GO)

Messagepar Patricia OBEID » 07 Juin 2019, 11:48

Merci Mickael.


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