pb de chargement du package "multtest"

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Lorraine Bauer
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pb de chargement du package "multtest"

Messagepar Lorraine Bauer » 16 Nov 2010, 18:11

Bonjour,
Je voudrais faire des comparaisons multiples en non paramétrique à la suite d'un Kruskal-Wallis et d'un test de Friedman et j'ai trouvé le package multtest qui a priori pourrait m'aider. Je l'ai donc téléchargé et il s'est installé correctement. Or je n'arrive pas le charger, un message d'erreur me parle d'un mystérieux package Biobase qui est absent de ma machine et de surcroit qui ne semble pas non plus exister sur le site du CRAN. Voici ce que cela donne :

Code : Tout sélectionner

(.packages(all.available=T))
 [1] "AED"           "bitops"        "car"           "caTools"     
 [5] "colorspace"    "digest"        "ellipse"       "FactoMineR"   
 [9] "gdata"         "ggplot2"       "gplots"        "gtools"       
[13] "iterators"     "itertools"     "multtest"      "mvtnorm"     
[17] "pcaPP"         "plyr"          "proto"         "RColorBrewer"
[21] "reshape"       "robust"        "robustbase"    "rrcov"       
[25] "scatterplot3d" "base"          "boot"          "class"       
[29] "cluster"       "codetools"     "datasets"      "foreign"     
[33] "graphics"      "grDevices"     "grid"          "KernSmooth"   
[37] "lattice"       "MASS"          "Matrix"        "methods"     
[41] "mgcv"          "nlme"          "nnet"          "rpart"       
[45] "spatial"       "splines"       "stats"         "stats4"       
[49] "survival"      "tcltk"         "tools"         "utils" 


multtest est bien là mais quand je tente de le charger, voici ce que cela donne :

Code : Tout sélectionner

library(multtest)
Le chargement a nécessité le package : Biobase
Erreur : le package 'Biobase' ne peut être chargé
De plus : Message d'avis :
In library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
  aucun package nommé 'Biobase' n'est trouvé


Et bien sûr multtest n'a pas été chargé :

Code : Tout sélectionner

 (.packages())
[1] "stats"     "graphics"  "grDevices" "utils"     "datasets"  "methods" 
[7] "base"


Quelqu'un ici aurait-il déjà rencontré ce genre de problème ? Comment pourrais-je résoudre cette question ?
Merci d'avance

Lorraine

Aurélien Madouasse
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Messagepar Aurélien Madouasse » 16 Nov 2010, 18:22

Bonjour,
Le package peut apparemment être téléchargé depuis l'adresse suivante:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
Aurélien

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 16 Nov 2010, 18:23

Un petit Google "Biobase package" t'aurait renseigné immédiatement... Il s'agit d'un package de BioConductor, énorme projet dédié à l'analyse des données de génomique. Voir http://www.bioconductor.org/

Pour l'installation, voir http://www.bioconductor.org/install/index.html
Renaud

Lorraine Bauer
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Messagepar Lorraine Bauer » 16 Nov 2010, 22:25

Merci de vos réponses extraordinairement rapide !
C'est bon, j'ai pu télécharger ce fameux package Biobase. Toutefois comme j'avais du retard dans la mise à jour de R (-2 versions), cela ne fonctionnait toujours pas. Avec R à jour à présent tout est OK.
Tu as raisons Renaud, je n'ai pas assez le réflex google. En tout cas en ce qui concerne R, je crois que je préfère venir ici et lire les posts du forum ! C'est quand même une belle mine d'or.
A bientôt

Lorraine

Lorraine Bauer
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Messagepar Lorraine Bauer » 17 Nov 2010, 11:28

Je reviens avec mon problème de comparaisons multiples. Il me semble que multtest n'est pas exactement ce que je recherche.... Je voudrais faire des comparaisons multiples en non paramétrique et je ne trouve pas vraiment ce qu'il me faut. J'ai aussi regardé du coté de multcomp, mais il semblerait que ce dernier package traite uniquement des situations paramétriques. Est-ce que quelqu'un connaitrait une bibliothèque ou une fonction qui puisse m'aider ?
A bientôt
Lorraine

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 17 Nov 2010, 11:42

Difficile de savoir ce que tu veux faire exactement d'après ce que tu nous dis. Un exemple des données, un bout de code seraient utiles, comme d'hab. Est-ce p.adjust (stats), ou wald.test (aod) ne seraient pas des pistes ?
Renaud

Lorraine Bauer
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Messagepar Lorraine Bauer » 17 Nov 2010, 12:14

Oui tu as raisons, mais le pb c'est que je n'ai pas de données précises. Je suis en train de rédiger un cours à destination de petits chefs d'entreprises et je cherche à fournir au gens des méthodes d'analyses générales qui fonctionnent dans la plupart des cas. C'est pour cela que les situations non paramétriques m'intéressent ici. Les personnes en question n'ont pas de très grandes connaissances en stats (elles s'en fichent du reste !), ce qui les intéressent en revanche c'est de pouvoir maitriser des outils relativement simples a appliquer et qui peuvent marcher dans beaucoup de situations.
J'ai peur que tes pistes soient trop complexes pour mes chefs d'entreprises... Mais comme je me casse trop la tête ici, je pense que je vais me rabattre sur multcomp.
Merci de ta réponse Renaud à bientôt

Lorraine

Lorraine Bauer
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Messagepar Lorraine Bauer » 17 Nov 2010, 14:59

Encore moi !
Juste pour signaler (cela peut intéresser quelqu'un) que j'ai trouvé une bibliothèque quasi parfaite pour ce que je veux faire, il s'agit de npmc. Pour mon public, c'est tout à fait intéressant car avec une ligne de code du genre summary(npmc()), on aboutit à un beau résumé des comparaisons. Le seul point gênant c'est que les comparaisons pour données appariées ne sont pas prises en compte avec cette bibliothèque.
A plus tard

Lorraine


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