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pb de chargement du package "multtest"

 
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Lorraine Bauer



Inscrit le: 18 Nov 2008
Messages: 63
Localisation: Paris

MessagePosté le: Mar Nov 16, 2010 6:11 pm    Sujet du message: pb de chargement du package "multtest" Répondre en citant

Bonjour,
Je voudrais faire des comparaisons multiples en non paramétrique à la suite d'un Kruskal-Wallis et d'un test de Friedman et j'ai trouvé le package multtest qui a priori pourrait m'aider. Je l'ai donc téléchargé et il s'est installé correctement. Or je n'arrive pas le charger, un message d'erreur me parle d'un mystérieux package Biobase qui est absent de ma machine et de surcroit qui ne semble pas non plus exister sur le site du CRAN. Voici ce que cela donne :

Code:
(.packages(all.available=T))
 [1] "AED"           "bitops"        "car"           "caTools"     
 [5] "colorspace"    "digest"        "ellipse"       "FactoMineR"   
 [9] "gdata"         "ggplot2"       "gplots"        "gtools"       
[13] "iterators"     "itertools"     "multtest"      "mvtnorm"     
[17] "pcaPP"         "plyr"          "proto"         "RColorBrewer"
[21] "reshape"       "robust"        "robustbase"    "rrcov"       
[25] "scatterplot3d" "base"          "boot"          "class"       
[29] "cluster"       "codetools"     "datasets"      "foreign"     
[33] "graphics"      "grDevices"     "grid"          "KernSmooth"   
[37] "lattice"       "MASS"          "Matrix"        "methods"     
[41] "mgcv"          "nlme"          "nnet"          "rpart"       
[45] "spatial"       "splines"       "stats"         "stats4"       
[49] "survival"      "tcltk"         "tools"         "utils" 


multtest est bien là mais quand je tente de le charger, voici ce que cela donne :

Code:
library(multtest)
Le chargement a nécessité le package : Biobase
Erreur : le package 'Biobase' ne peut être chargé
De plus : Message d'avis :
In library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
  aucun package nommé 'Biobase' n'est trouvé


Et bien sûr multtest n'a pas été chargé :

Code:
 (.packages())
[1] "stats"     "graphics"  "grDevices" "utils"     "datasets"  "methods" 
[7] "base"


Quelqu'un ici aurait-il déjà rencontré ce genre de problème ? Comment pourrais-je résoudre cette question ?
Merci d'avance

Lorraine


Dernière édition par Lorraine Bauer le Mer Nov 17, 2010 11:17 am; édité 2 fois
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Aurélien Madouasse



Inscrit le: 26 Fév 2007
Messages: 352
Localisation: School of Veterinary Science and Medicine - Nottingham (UK)

MessagePosté le: Mar Nov 16, 2010 6:22 pm    Sujet du message: Répondre en citant

Bonjour,
Le package peut apparemment être téléchargé depuis l'adresse suivante:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
Aurélien
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Renaud Lancelot



Inscrit le: 16 Déc 2004
Messages: 2459
Localisation: CIRAD, Montpellier

MessagePosté le: Mar Nov 16, 2010 6:23 pm    Sujet du message: Répondre en citant

Un petit Google "Biobase package" t'aurait renseigné immédiatement... Il s'agit d'un package de BioConductor, énorme projet dédié à l'analyse des données de génomique. Voir http://www.bioconductor.org/

Pour l'installation, voir http://www.bioconductor.org/install/index.html
_________________
Renaud
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Lorraine Bauer



Inscrit le: 18 Nov 2008
Messages: 63
Localisation: Paris

MessagePosté le: Mar Nov 16, 2010 10:25 pm    Sujet du message: Répondre en citant

Merci de vos réponses extraordinairement rapide !
C'est bon, j'ai pu télécharger ce fameux package Biobase. Toutefois comme j'avais du retard dans la mise à jour de R (-2 versions), cela ne fonctionnait toujours pas. Avec R à jour à présent tout est OK.
Tu as raisons Renaud, je n'ai pas assez le réflex google. En tout cas en ce qui concerne R, je crois que je préfère venir ici et lire les posts du forum ! C'est quand même une belle mine d'or.
A bientôt

Lorraine
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Lorraine Bauer



Inscrit le: 18 Nov 2008
Messages: 63
Localisation: Paris

MessagePosté le: Mer Nov 17, 2010 11:28 am    Sujet du message: Répondre en citant

Je reviens avec mon problème de comparaisons multiples. Il me semble que multtest n'est pas exactement ce que je recherche.... Je voudrais faire des comparaisons multiples en non paramétrique et je ne trouve pas vraiment ce qu'il me faut. J'ai aussi regardé du coté de multcomp, mais il semblerait que ce dernier package traite uniquement des situations paramétriques. Est-ce que quelqu'un connaitrait une bibliothèque ou une fonction qui puisse m'aider ?
A bientôt
Lorraine
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Renaud Lancelot



Inscrit le: 16 Déc 2004
Messages: 2459
Localisation: CIRAD, Montpellier

MessagePosté le: Mer Nov 17, 2010 11:42 am    Sujet du message: Répondre en citant

Difficile de savoir ce que tu veux faire exactement d'après ce que tu nous dis. Un exemple des données, un bout de code seraient utiles, comme d'hab. Est-ce p.adjust (stats), ou wald.test (aod) ne seraient pas des pistes ?
_________________
Renaud
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Lorraine Bauer



Inscrit le: 18 Nov 2008
Messages: 63
Localisation: Paris

MessagePosté le: Mer Nov 17, 2010 12:14 pm    Sujet du message: Répondre en citant

Oui tu as raisons, mais le pb c'est que je n'ai pas de données précises. Je suis en train de rédiger un cours à destination de petits chefs d'entreprises et je cherche à fournir au gens des méthodes d'analyses générales qui fonctionnent dans la plupart des cas. C'est pour cela que les situations non paramétriques m'intéressent ici. Les personnes en question n'ont pas de très grandes connaissances en stats (elles s'en fichent du reste !), ce qui les intéressent en revanche c'est de pouvoir maitriser des outils relativement simples a appliquer et qui peuvent marcher dans beaucoup de situations.
J'ai peur que tes pistes soient trop complexes pour mes chefs d'entreprises... Mais comme je me casse trop la tête ici, je pense que je vais me rabattre sur multcomp.
Merci de ta réponse Renaud à bientôt

Lorraine
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Lorraine Bauer



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Localisation: Paris

MessagePosté le: Mer Nov 17, 2010 2:59 pm    Sujet du message: Répondre en citant

Encore moi !
Juste pour signaler (cela peut intéresser quelqu'un) que j'ai trouvé une bibliothèque quasi parfaite pour ce que je veux faire, il s'agit de npmc. Pour mon public, c'est tout à fait intéressant car avec une ligne de code du genre summary(npmc()), on aboutit à un beau résumé des comparaisons. Le seul point gênant c'est que les comparaisons pour données appariées ne sont pas prises en compte avec cette bibliothèque.
A plus tard

Lorraine
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