Problème avec la fonction "polygon"

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Trochet Audrey
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Problème avec la fonction "polygon"

Messagepar Trochet Audrey » 25 Aoû 2011, 13:04

Bonjour à tous,

J'aimerai représenter graphiquement des moyennes de températures en fonction de dates. Les moyennes ont été calculées, ainsi que les écartypes et les intervalles de confiance. J'aimerai colorier la zone entre mes intervalles de confiance inférieurs et supérieurs. Mais impossible de le faire !

Voici les derniers scripts:

date_new=as.Date(as.character(dat$Date), format = "%d/%m/%Y")
plot(date_new,dat$Moy_Par_jour,type="line")
lines(date_new,dat$IC_inf,col="grey")
lines(date_new,dat$IC_sup,col="grey")
# jusque là pas de problèmes
x=date_new
y=dat$Moy_Par_jour
polygon(x,dat$IC_inf,dat$IC_sup, col="grey")
# R colorie la zone entre les IC inférieurs et une droite décroissante (je ne sais pas trop à quoi cela correspond ?)

J'ai tout essayé, je crois que je ne comprends pas trop comment marche la fonction polygon :oops:

Merci pour votre aide !!

Trochet Audrey
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Messagepar Trochet Audrey » 25 Aoû 2011, 13:09

Je viens d'avoir ma réponse avec ce post:
viewtopic.php?t=3785&highlight=polygon

:D :D :D

Dominique Soudant
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Messagepar Dominique Soudant » 25 Aoû 2011, 13:42

Ok puisque tu as la réponse technique tu peux te poser la question de la pertinence de la représentation.

De ce que je comprend, tu as des mesures de température à des dates données et pour chaque date tu as calculé la moyenne et l'IC. Ce que tu es en train de faire c'est d'une part relier les Upper limit entre elles d'autre part les lower limits entres elles et finalement colorier l'espace compris entre ces deux courbes. Si c'est le cas, réalise qu'en agissant de la sorte tu fais implicitement l'hypothèse d'une évolution linéaire entre chacune de tes dates, tu forces le lecteur vers l'identification d'une évolution alors que tu n'as en réalité aucune information entre chacune de tes dates. C'est mal.

Évidemment c'est d'autant plus mal que l'intervalle de temps entre deux dates est importants. Ainsi relier par une droite la température au 15/06 et au 15/09, c'est oublier qu'il se passe des choses coté température pendant juillet et août ... Relier le 15/06 au 16/06 c'est un peut moins problématiques sauf si les autres données sont à fréquence horaire ...

Finalement, si faire une moyenne résulte d'un méchant calcul mécanique et ainsi est toujours légitime, il n'en est pas de même avec un intervalle de confiance pour lequel on fait (souvent) une hypothèse sur la distribution et ses paramètres et dans ce cas il n'est pas anodin de se poser au moins la question du caractère raisonnable de cette distribution, voire, dans le cas d'une gaussienne, de la disponibilité de suffisamment de données pour faire cette hypothèse.

Pour toutes ces raisons, tu peux te demander si une représentation avec la fonction stripchart n'induirait pas moins de biais de lecture, ne nécessiterait pas moins d'hypothèses, rendrait finalement mieux compte de l'observation tout en permettant apprécier à la fois la position et la variabilité, ce qui semble bien l'objet de ton graphique. Si tu as beaucoup de données (>30) par date, tu peux t'orienter vers des box and whisker plots, si tu penses que ton lectorat aura des soucis avec les box en whiskers tu peux essayer le package beanplot.

Trochet Audrey
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Messagepar Trochet Audrey » 25 Aoû 2011, 14:09

Merci pour la réponse très pertinente.
Oui je sais bien que les données de température sont particulières, mais j'ai uniquement besoin d'un graphique assez bref pour voir la diminution des température globalement entre l'été et l'hiver.
Mais je vais me penser sérieusement sur la question :wink: Merci beaucoup


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