Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

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Fanny Buard
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Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

Messagepar Fanny Buard » 12 Juil 2018, 09:43

Bonjour,
J'aimerai obtenir les groupes homogènes suite à un glm via les fonctions emmeans et cld :

M<-glm("Antago~Con+N_SERIE+POSITION_CAGE+H+Echantillon",family=binomial(link=logit), data=data_bino2)#Modèle global pour anova
M1<-glm("Antago~Con+H",family=binomial(link=logit), data=data_bino2)#Modèle pour glht et emmeans
ANO<-anova(M, test="Chi")
ANO
A<-summary(glht(model=M1, linfct = mcp(Con = "Tukey")))
#Extraction des groupes homogènes
E<-emmeans(M1,~Con)
EM<-cld(E,comparison=TRUE, Letters=letters)
EM

Or j'obtiens ce message d'erreur, alorsd que ces fonctions ont fonctionné pendant une temps...
Error in UseMethod("cld") :
no applicable method for 'cld' applied to an object of class "emmGrid"

D'avance merci

Eric Casellas
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Re: Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

Messagepar Eric Casellas » 12 Juil 2018, 10:05

Bonjour,

Le message indique qu'il n'existe pas de fonction cld pour les objets de classe emmGrid (ton objet E à priori).

Eric
Eric

Fanny Buard
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Re: Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

Messagepar Fanny Buard » 12 Juil 2018, 10:07

Bonjour,
Justement ces fonctions font parties du package "emmeans" et lors de son installation, la console m'affiche :
Attachement du package : ‘multcomp’

The following object is masked from ‘package:emmeans’:

cld

Eric Casellas
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Re: Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

Messagepar Eric Casellas » 12 Juil 2018, 10:13

Fanny Buard a écrit :Justement ces fonctions font parties du package "emmeans" et lors de son installation, la console m'affiche :
Attachement du package : ‘multcomp’

The following object is masked from ‘package:emmeans’:

cld


Ben du coup cela veux dire que tu utilise la fonction cld du paquet multcomp et non pas celle du paquet emmeans, si tu veux utiliser celle de emmeans il te faut lui dire explicitement, par exemple :

Code : Tout sélectionner

EM<-emmeans::cld(E,comparison=TRUE, Letters=letters)
Eric

Fanny Buard
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Re: Package emmeans et cld "incompatible object emmgrid"

Messagepar Fanny Buard » 13 Juil 2018, 12:34

Super ça fonctionne ! Merci beaucoup !


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