Plotting means and error bars

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Claude Mande
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Plotting means and error bars

Messagepar Claude Mande » 13 Juil 2018, 09:52

Bonjour

Comment ajuster l'échelle de l'axe des Y avec des valeurs décimales?
Que faudrait réellement compléter dans ces scripts pour que ggplot2 accepte des étiquettes à au moins deux mots?
Ci-dessous un extrait d'opération permettant à quiconque de comprendre mon souci.

Claude.

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> library(readr)

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> data <- read_csv("G:/dataset/data.csv")

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> library(reshape2)

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> data_long<-melt(data=data,id.vars = "subject",measure.vars=c("FRUof", "NECof", "AINof", "FRUef","NECef","AINef"), variable.name="Dit")


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> names(data_long)[names(data_long)=="value"]<-"Capture"

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> data_long$Dietary<-NA

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> data_long$Dietary[grepl("^FRU",  data_long$Dit)] <- "FRU"

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> data_long$Dietary[grepl("^NEC", data_long$Dit)] <- "NEC"

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> data_long$Dietary[grepl("^AIN", data_long$Dit)] <- "AIN"

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> data_long$Dietary<-factor(data_long$Dietary)

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> data_long$Habitat<-NA

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> data_long$Habitat[grepl("of$",  data_long$Dit)] <- "Of"

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> data_long$Habitat[grepl("ef$", data_long$Dit)] <- "Ef"

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> data_long$Habitat<-factor(data_long$Habitat, levels=c("Of","Ef"))

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> data_long$Dit<-NULL


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> library(Rmisc)

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> datc<-summarySEwithin(data_long,measurevar = "Capture",withinvars = c("Dietary","Habitat"),idvar = "subject")


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> library(ggplot2)

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> ggplot(datc, aes(x=Dietary, y=Capture, fill=Habitat)) + geom_bar(position=position_dodge(.9), colour="black", stat="identity") + geom_errorbar(position=position_dodge(.9), width=.1, aes(ymin=Capture-se, ymax=Capture+se)) + coord_cartesian(ylim=c(0,1)) + scale_fill_manual(values=c("#CCCCCC","#FFFFFF")) + scale_y_continuous(breaks=seq(1:100)) + theme_bw() + geom_hline(yintercept=20)

Eric Casellas
Messages : 652
Enregistré le : 06 Jan 2009, 14:59

Re: Plotting means and error bars

Messagepar Eric Casellas » 13 Juil 2018, 10:14

Bonjour,

J'imagine que ça viens de moi mais je n'ai pas vu de question dans ton post...
Et sinon le code que tu met n'étant pas reproductible, difficile d'en faire quoi que ce soit de notre coté (voir http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?f=1&t=7638).

Eric
Eric


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