Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

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Fanny Buard
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Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 05 Aoû 2018, 14:12

Bonjour,
Je souhaite réaliser une boucle avec un wilcox.test, sauf que lorsque que je la lance, un message d'errueur s'affiche :

Error in wilcox.test.default(wil_data$droso_min, wil_data$droso_max, paired = TRUE) :
not enough (finite) 'x' observations

Voici le code :
HH<-c("2","24")
wiltab<-data.frame(matrix(NA,24,5))
colnames(wiltab)<-c("droso_max","droso_min","H","p.value","Significativité")
e<-0
for (Pos_trans in 1:4) {
for (Pos_longi in 1:2) {
for (h in 1:3) {
e<-e+1
wil_data<-data[data$Pos_trans==Pos_trans,]
wil_data<-wil_data[wil_data$Pos_longi==Pos_longi,]
wil_data<-wil_data[wil_data$H==h,]
z<-wilcox.test(wil_data$droso_min, wil_data$droso_max, paired = TRUE)
wiltab[e,1]<-wil_data$droso_max
wiltab[e,2]<-wil_data$droso_min
wiltab[e,3]<-HH[h]
wiltab[e,4]<-z$p.value
wiltab[e,5]<-ETOIL(z$p.value)
}
}
}
wiltab

D'avance merci.

Pierre-Yves Berrard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 06 Aoû 2018, 07:43

Bonjour,
Fanny Buard a écrit :Error in wilcox.test.default(wil_data$droso_min, wil_data$droso_max, paired = TRUE) :
not enough (finite) 'x' observations

Le message indique clairement qu'il n'y a pas assez d'observations. Vérifier la longueur de wil_data pour chaque filtre que vous faites ?
PY

Fanny Buard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 06 Aoû 2018, 10:12

Bonjour,
Tout d'abord merci pour votre réponse. Pour vérifier la longueur il faut que j'utilise la fonction table ? Je suis novice sous R.

Pierre-Yves Berrard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 06 Aoû 2018, 10:17

Essayez d'afficher dans la console le nombre de lignes de la table (nrow) en insérant une ligne juste avant le test :

Code : Tout sélectionner

...
wil_data<-wil_data[wil_data$Pos_longi==Pos_longi,]
wil_data<-wil_data[wil_data$H==h,]
print(nrow(wil_data)) # <-----------------------------------------------(nouvelle ligne)
z<-wilcox.test(wil_data$droso_min, wil_data$droso_max, paired = TRUE)
...
PY

Fanny Buard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 06 Aoû 2018, 11:59

Voici la sortie que R studio me donne :
[1] 1
[1] 1
[1] 0
Error in wilcox.test.default(wil_data$droso_min, wil_data$droso_max, paired = TRUE) :
not enough (finite) 'x' observations
>

Pierre-Yves Berrard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 06 Aoû 2018, 12:09

Le troisième filtre (Pos_trans = 1, Pos_longi = 1, h = 3) génère donc un data.frame de 0 ligne (les deux précédents des data.frame d'une ligne).
PY

Fanny Buard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 06 Aoû 2018, 16:27

Ce la veut donc dire que à partir de h, aucune valeur n'est retenue dans mon data.frame ?

Pierre-Yves Berrard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 06 Aoû 2018, 16:36

Plutôt qu'il n'y a pas d'observations qui satisfont les critères Pos_trans=1, Pos_longi=1 et h=3.
PY

Fanny Buard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 06 Aoû 2018, 16:39

Comment ça satisfaire ? Par rapport aux exigences du test ou à l'absence de données ?

Fanny Buard
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Re: Wilcox.text -> Err : not enough (finite) 'x' observations

Messagepar Fanny Buard » 06 Aoû 2018, 17:07

Quel autre test puis-je utiliser pour des données appariées ?
Merci


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