Figure matrice de distance

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Myriam Croze
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Figure matrice de distance

Messagepar Myriam Croze » 30 Oct 2018, 11:19

Bonjour,

Grâce au package Ape de r, j'ai calculé la matrice de distance d'un alignement de séquence ADN.
Mon problème, c'est que je ne sais pas comment faire un graphe à partir de ces données.

Voilà le fichier/matrice que j'ai:

4516 5123 4891 6425 9842 7852 8425
4516 0
5123 0,001 0
4891 0,025 0,0036 0
6425 0,0056 0,026 0,0068 0
9842 0,078 0,046 0,056 0,078 0
7852 0,082 0,0098 0,049 0,089 0,048 0
8425 0,065 0,0089 0,065 0,026 0,005 0,089 0

J'aimerai faire une figure représentant chaque valeurs de distance (0.001, 0.025, etc) par un point.
Existe t-il un package ou une commande pour faire ça sur R?

De plus, j'aimerai que l'axe des x soit égal à la valeur absolue de la 1er colonne moins la premier ligne. Par exemple, pour la valeur 0.001, la valeur x est |5123-4516|= 607 (ces valeurs correspondent à la date en jours de l'échantillonnage). Je veux donc un graphe représentant les distances entre mes séquences par rapport à la différence de jours entre les deux échantillons.

Si quelqu'un a une solution à me proposer, ça m'aiderai beaucoup car après 2 jours à essayer différentes méthodes, je n'arrive toujours pas à faire ce graphe.

Merci d'avance!

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