Une fois que tu as sourcé ton script, tu peux connaitre les packages chargés avec la commande :
Mais ne te sers pas de cette liste pour faire un tri, car tu ne vois pas les imports, des packages qui ne sont pas forcement chargés et sur lesquels dépendent certaines fonctions d'autres packages.
Si tu veux savoir tous les packages dont tu as besoin, source d'abord ton script. Avec installed.packages() tu peux voir tous les packages installés dans une certaine librairie. Parmi les packages installés on garde ceux qui ont étés chargés par ton script et ceux qui viennent avec la version de base de R (priority base ou recommended), on affiche ensuite les imports de ces packages :
Code : Tout sélectionner
[code]p <- installed.packages()[row.names(installed.packages()) %in% .packages() | !is.na(installed.packages()[ ,"Priority"]), "Imports"]
data.frame(Package = names(p), Imports = p)[/code]Et tu as un data frame avec tous les packages necessaires.
Mais je pense que la manipulation la plus simple si tu veux supprimer tous les packages inutiles sans risques c'est de ré installer R et de n'installer que les packages dont tu as besoin
Ouvre une nouvelle session de R, source ton script, exécute :
Code : Tout sélectionner
paste0("install.packages(c(\"",
paste(names(is.na(installed.packages()[.packages(), "Priority"]))[is.na(installed.packages()[.packages(), "Priority"])],
collapse = "\", \""),
"\"))") Copie la commande en sortie
désinstalle et ré-installe R, ouvre une nouvelle session et exécute la commande que tu as copié, elle va installer tous les packages qui étaient chargés dans ton ancienne session, exceptés ceux base & recommended (déjà fournit par l'installation de R), ainsi que leurs imports, links et dépendances.