Insertion du pourcentage de la variance observée sur les axes [Résolu]

[Mathilde Fer]

Bonjour,
Je viens de faire plusieurs ACP et ai réalisé leurs représentations graphiques grâce à la fonction s.arrow(), mais le pourcentage de la variance observée pour mes axes n'y apparait pas...
Quelqu'un aurait-il une astuce pour rendre visible ces pourcentages !

Merci d'avance,
Mathilde

[Logez Maxime]

Bonjour,

dans ade4 rien n'est prévu pour ça. Pour une solution clé en main c'est plus simple avec FactoMineR et factoextra (regarde le site d'aide de factoextra tutrouveras toute l'aide nécessaire). Avec ade4 il te faut récupérer les inerties en divisant les valeurs propres ($eig) par leur somme. Ensuite tu dois faire par(mar =rep(0.1,4)) puis faire afficher les inerties sur les axes avec la fonction texte.

Cordialement,
Maxime

[Maxime Hervé]

Bonjour,

dans le package RVAideMemoire il y aussi les fonctions MVA.synt() (pour récupèrer les % de variance) et MVA.plot() (pour tracer le graphe et par exemple y ajouter les % en légendes d'axes) qui permettent d'arriver au même résultat tout aussi simplement.

Maxime

[Alexandre Dangléant]

Bonjour,

Avec ade4 :

Code : Tout sélectionner

mtext(paste(round((100*acp$eig/sum(acp$eig))[1],2),"%"),4, at=0.1, line=-5, las=1)
mtext(paste(round((100*acp$eig/sum(acp$eig))[2],2),"%"),3, at=0.15, line=-1, las=1)

où "acp" est la sortie d'une analyse (typiquement : acp <- dudi.pca(...))

Chacune de ces lignes donne l'inertie d'un axe, ciblé dans l'indexation (ici, les "[1]" et "[2]", à ajuster si tu travaille sur l'axe 3 et +). Il te faudra également ajuster les at et line pour que le positionnement corresponde à ton analyse. Je te laisse décomposer le reste, n'hésite pas si qq n'est pas clair.

En espérant que ça aide.

Cordialement.

[Mathilde Fer]

Merci à vous tous pour cette grande aide !!!!
Du coup j'ai utilisé ta technique Alexandre et elle fonctionne très bien. Mais je prend bonne note des autres solutions pour une prochaine analyse à venir !

Encore merci
Mathilde