barplot empilé

[Patricia OBEID]

Bonjour,
je souhaite faire un barplot empilé mais je ne m'en sors pas.
J'ai le dataframe suivant avec 6 conditions (cond), pour chaque condition, j'ai un nombre de cellules attribué à une couleur (4 couleurs : Neg, Or, G et Gor) (par exemple pour "cells" j'ai 1 cellule "Gor" + 5899 cellules "Neg" + 9 cellules "Or" + 0 cellule "G") :

structure(list(cond = structure(c(2L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L,
5L, 6L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 1L, 2L, 3L, 5L, 6L), .Label = c("cells",
"cells+CTG", "cells+CTOr", "CTG", "CTG+CTOr", "CTOr"), class = "factor"),
couleur = c("G", "G", "G", "GOr", "GOr", "GOr", "GOr", "GOr",
"GOr", "Neg", "Neg", "Neg", "Neg", "Neg", "Neg", "Or", "Or",
"Or", "Or", "Or"), nCells = c(2415, 2795, 1397, 1, 130, 3,
210, 846, 3, 5899, 2378, 2359, 4, 99, 69, 9, 3, 2531, 1644,
4075)), .Names = c("cond", "couleur", "nCells"), row.names = c(NA,
-20L), class = "data.frame")

Je souhaiterais avoir en x les conditions cond et l'empilement des 4 couleurs en fonction de leur nombre.
Je ne sais pas comment présenter ça et l'écrire pour obtenir ce que je souhaite ...
Je vous remercie par avance de votre aide
Bonne soirée,
Patricia

[Jean-Pierre Jacus]

Bonjour,
la commande sur R est normalement la suivante. Il faut passer par la fonction table

Code : Tout sélectionner

A = table(data$variable)

# data = le nom de votre base de données, variable = le nom de votre variable quantitative

Code : Tout sélectionner

barplot(A)

# qui normalement vous donnera un barplot empilé
j'espère avoir pu vous aider
J. Pierre

[Patricia OBEID]

Bonsoir Jean-Pierre,
non, c'est un peu plus compliqué ...
Voici en image le tableau 1 type que j'ai à l'origine (mais réduit)
pour visualiser ce que je souhaite, je suis passée dans excel pour un petit jeu de données. J'ai transformé mon tableau 1 pour obtenir le tableau 2 qui m'a servi de base pour le graphique que je souhaite.
Sur peu de données, c'est simple dans excel mais quand on a plusieurs centaines de lignes, ça devient fastidieux et source d'erreur.




J'espère qu'avec les images ma question est plus claire ...
Merci en tous cas.
Bonne soirée
Patricia

[Jean-Pierre Jacus]

Je ne suis surement pas compétent. A tout hasard, avec beside = T?

Code : Tout sélectionner

barplot(A, beside = T)

sinon, je ne sais pas...
Bien à vous
JP

[Pierre-Yves Berrard]

Le plus simple pour moi est d'utiliser le package ggplot2 :

Code : Tout sélectionner

library(ggplot2)
ggplot(
  data,
  aes(x = cond, weight = nCells, fill = couleur)
) +
geom_bar(position = "fill")

[Gabriel Terraz]

Salut,

Et sans package, quelque chose dans le genre ?

Code : Tout sélectionner

tap <- tapply(df$nCells, df[,c(2,1)], sum)
barplot(tap, legend.text = T, col = rainbow(4))

[Patricia OBEID]

Bonjour Pierre-Yves
C'est exactement ce que je voulais faire !
Merci beaucoup.
Bonne journée,
Patricia

[Pierre-Yves Berrard]

Et sans package, quelque chose dans le genre ?

Code : Tout sélectionner

tap <- tapply(df$nCells, df[,c(2,1)], sum)
barplot(tap, legend.text = T, col = rainbow(4))

J'ai essayé ça dans un premier temps, mais il faut gérer les NA et calculer les proportions. C'est pourquoi je suis revenu à ggplot.

[Patricia OBEID]

Merci Gabriel,
ça fonctionne aussi mais avec une étape de transformation des NA par la valeur zéro.
Bonne journée,
Patricia

[Gabriel Terraz]

Effectivement, il y a un problème avec les NA, je n'y avais pas pensé. On peut les mettre à zéro avec une petite commande. Ce qui donne finalement :
(j'ai légèrement raccourci les noms pour la lisibilité)

Code : Tout sélectionner

tap <- tapply(df$nCells, df[,c(2,1)], sum, na.rm = T)
tap[is.na(tap)]  <- 0
noms <- c("c", "c+CTG", "c+CTOr", "CTG", "CTG+CTOt", "CTOr")
barplot(tap, legend.text = T, col = rainbow(4), names.arg = noms)

Si on veut des proportions :

Code : Tout sélectionner

tapP <- prop.table(tap,2)
barplot(tapP, legend.text = T, col = rainbow(4), names.arg = noms)

[Patricia OBEID]

Gabriel,
une petite question pour toi : comment déplacer la légende dans le plot, voire même comment la positionner à côté du plot ?
Merci de ton retour et bonne journée,
Patricia

[Gabriel Terraz]

Salut,
Il y a plusieurs solution pour faire cela, tu peux déjà utiliser l'argument args.legend de la fonction barplot pour passer ces arguments à la fonction legend(). Tu peux aussi dessiner ta légende en dehors de la zone de plot.
Par exemple (pas testé donc sûrement à ajuster) :

L'argument xpd pour autoriser la légende en dehors de la zone de plot et mar pour rajouter de la marge à droite ( 5.1, 4.1, 4.1, 2.1) par défaut, en partant du bas puis en tournant dans le sens horaire.

Code : Tout sélectionner

par(xpd = T, mar = c(5,4,4,6))

Code : Tout sélectionner

barplot(tap, legend.text = T, col = rainbow(4), names.arg = noms,args.legend=list(x="right",xpd = T,inset = c(-0.2,0)))