Je teste le package 'cogena' de BioconductoR pour relier les expressions géniques et les pathways biologiques.
J'ai un soucis lors de l'export en .jpg pour la fonction heatmapPEI().
Comme vous pouvez le voir avec l'exemple suivant, le fichier _Test.jpg est bon, alors que le fichier _Test2.jpg est vide. la seule différence entre ces 2 est la présence d'accolade.
Code : Tout sélectionner
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("cogena")
require(cogena)
data(Psoriasis)
clen_res <- clEnrich(coExp(DEexprs, nClust=2, clMethods="kmeans", metric="correlation", method="complete", ncore=2, verbose=TRUE),
annofile=system.file("extdata", "c2.cp.kegg.v5.0.symbols.gmt.xz", package="cogena"), sampleLabel=sampleLabel)
jpeg(file="_Test.jpg", width=10, height=8, units="in", res=150)
heatmapPEI(clen_res, "kmeans", "2")
dev.off()
{
jpeg(file="_Test2.jpg", width=10, height=8, units="in", res=150)
heatmapPEI(clen_res, "kmeans", "2")
dev.off()
}
Avez-vous une idée du pourquoi de ce comportement et comment passer outre ? (si ça aide, cette fonction utilise ggplot2)
J'ai en effet besoin de faire un test logique avant d'éventuellement produire le graphe, et avec les accolades, je n'ai que des graphes blancs.
Si je peux enlever (ou m'arranger) avec les accolades du test logique, avec les accolades de plusieurs boucles for c'est plus compliqué. Plusieurs boucle for, car clEnrich propose plusieurs méthodes de clustering, avec un nombre de clusters pouvant être multiple, avec également des fichiers d'annotation différent. Ce qui fait pas mal de graphes à produire, d'où les boucles for.
Pour info, le lien vers le github du package où j'ai posé la même question : https://github.com/zhilongjia/cogena/issues/2
Merci,
Bastien
Edit : Nécessité des boucles for + lien github