Outil de détourage 3D

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jean lobry
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Outil de détourage 3D

Messagepar jean lobry » 26 Mar 2025, 16:43

Bonjour à tous,

je m'intéresse aux données 3D issues de LIDAR en forêt. Une démo valant mieux qu'un long discours, voici :

Code : Tout sélectionner

library(lidR)
chmin <- "https://pbil.univ-lyon1.fr/R/donnees/HouppierLIDAR/pcloc_CHS01_303.Rda"
load(url(chmin)) # -> pcloc
plot(pcloc, nbreaks = 256)


J'aimerais pouvoir retoucher ce nuage de points de façon interactive pour ne retenir que les points de l'arbre qui m'intéresse.

Je précise que je ne suis pas à la recherche d'un paquet R implémentant un algorithme de classification de points (il y a plein de recherche très dynamique dans ce domaine actuellement) mais d'un bête outil artisanal me permettant de gommer laborieusement et consciencieusement à la main les points que je veux censurer.

Auriez-vous connaissance d'un paquet R qui pourrait m'aider dans ce sens ?

Bien amicalement,

jean lobry

Maxime Deniaux
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar Maxime Deniaux » 27 Mar 2025, 15:44

Hello,

j'aimerais pouvoir t'aider mais pour je ne sais quelle raison, quand j'exécute ta commande plot, il ne se passe rien.
Donc j'ai aucun retour visuel.

lidR est-il le seul package nécessaire à ta visualisation de données ?

Difficile de t'aider, pour l'instant en tout cas

jean lobry
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar jean lobry » 27 Mar 2025, 16:04

Rhazut, je ne comprends pas pourquoi, je viens de faire un copier/coller dans une session vierge de R et ça marche chez moi.

P.-S. J'essaye de donner ma sessionInfo() mais ça ne marche pas, j'ai le même problème qu'Hervé dans un post récent que je n'arrive pas à référencer sans générer la même erreur (issue du forum, pas de R).

Maxime Deniaux
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar Maxime Deniaux » 31 Mar 2025, 12:22

J'ai retenté et cette fois ça fonctionne.
Plutôt chouette ce plot ! J'en avais jamais vu de ce type.

Par contre je n'ai rien en tête pour gérer manuellement comme tu le souhaites, sur un tel graphique. Je vais chercher un peu de mon côté mais, à la louche tu dirais qu'il s'agit de combien de points que tu voudrais enlever ?
Est-ce que ça ne peut vraiment pas être fait via des critères en amont sur les coordonnées ? Et donc gérer ça de façon automatique ?

C'est sûr que pour gérer manuellement il faudrait rendre le graphique interactif et que tu puisses choper les coordonnées d'un point en le survolant.
Mais comme c'est un graph 3D, c'est un domaine que je ne connais pas et donc les packages associés également.

En passant par Plotly, tu penses que c'est impossible ?

Edit : Sachant que via lidR, il y a visiblement une spécificité sur les coordonnées utilisées pour le plot (https://r-lidar.github.io/lidRbook/io.h ... t-advanced)
Donc, je ne sais même pas si en ayant un aperçu des coordonnées une fois sur le point, tu aies les bonnes ? Via ce package en tout cas

jean lobry
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar jean lobry » 01 Avr 2025, 16:24

Maxime Deniaux a écrit :J'ai retenté et cette fois ça fonctionne.

Bon, c'est déjà chouette que ça marche !

Eric Wajnberg
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar Eric Wajnberg » 02 Avr 2025, 12:12

Bonjour,

J'arrive à générer le graphique également.

Honnêtement, je doute effectivement que tu trouves un moyen interactif de pointer des points sur ce graphe pour identifier ceux que tu veux virer.

Même plus, même si ce genre d'interface existeraient, ce ne sera pas pratique du tout, car des points pourraient être trop proches (et il te faudra alors zoomer), ou cachés (et il te faudra alors faire pivoter le graphe avant), etc., avec toutes les sources d'erreurs possibles.

Je vous deux solutions (en tout cas si j’avais ce problème à résoudre) :

1) Identifier (formaliser) en amont les critères que tu comptes utiliser pour identifier les points que tu veux virer, même si la raison est de nature purement esthétique, et écrire l'algorithmie correspondante pour le faire automatiquement.

2) Trouver temporairement une autre représentation ("à plat") sur laquelle il sera largement plus facile d'interagir pour identifier les points en question, par exemple un système de projection sur des axes d'ordination qui étalent bien les points selon les critères qui t’intéressent.

HTH, Eric.

Logez Maxime
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar Logez Maxime » 03 Avr 2025, 12:40

Bonjour,

Je ne partage pas complètement les différents avis présentés précédemment.
Je pense que tu peux faire ça à la main, avec une application shiny et utiliser la fonction selectpoints3d de rgl pour identifier tes points et ensuite les supprimer de ton jeu de données.
Avec shiny tu pourrais interactivement identifier des points, les supprimés et regénérer le graphique au fur et à mesure.

Cordialement,
Maxime

jean lobry
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Re: Outil de détourage 3D

Messagepar jean lobry » 03 Avr 2025, 15:17

Bonjour à tous,

merci pour tous vos retours. Je suis en train d'explorer une solution à base de rgl::select3d() qui me semble prometteuse, pas très ergonomique, mais bien suffisante dans le cadre d'un TD pour mes étudiants. Je voulais vous en donner un aperçu mais j'ai encore ce message d'erreur du forum quand j'essaye de poster entre balises code :

Image

Bien amicalement,

jean lobry


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